Turun akatemian kultakausi 1640 perustetun Turun Akatemian tehtävänä ei niinkään ollut uuden tiedon tuottaminen vaan vanhan klassisen sivistysperinnön välittäminen palvelukseen astuville virkamiehille. Tieteellistä innovatiivisuutta ja nykyisin niin korostettua kilpailua piti suorastaan välttää. Niinpä rehtori Michael Wexonius lausui keväällä 1642 ankarasti: Varoitan itse kutakin professoria olemaan esittämättä mitään uutta siinä tarkoituksessa, että voisi antaa jotain parempaa ja enemmän kuin muut, mistä epäilemättä aiheutuu pahennusta ja epäsopua. Suurvalta-ajan tiede Akatemian alun henki asettui kokemusperäistä tutkimusta vastaan. Teologia vallitsi ylitse muiden tieteiden. Kaikkien tiedekuntien professorit olivat samalla teologeja ja päätyivät useimmiten kirkkoherroiksi. Fysiikassa, mekaniikassa tai optiikassa ei voitu saavuttaa mitään, mitä eivät jo kreikkalaiset olisi saavuttaneet. Demokraattisista ajatuksista liikkeelle lähtenyt luterilaisuus taipui puhdasoppisuuden hirmuvaltaan yhtä notkeasti kuin katolisuus. Tieteelliset tulokset Akatemiassa saavutettiinkin huolellisesti välttäen kaikkea kokemusperäistä, mihin syntiin Manner-Euroopan vääräuskoiset Galileo Galilei ja Kopernikus olivat vain vähän aikaisemmin langenneet. Turun Akatemian ensimmäisiä vuosikymmeniä onkin syystä kutsuttu puhdasoppisuuden ajaksi. Uudet matematiikan ja luonnontieteiden saavutukset pysyivätkin pääosin poissa Turun Akatemiasta 1600-luvulla ja maa vielä vuosikymmeniä Turussa maailman keskipisteenä. Väitöskirjat ja tutkimustulokset muistuttavat nykyajasta katsottuna satukirjoja. Hyödyn ja valistuksen vuosisata Modernit lähestymistavat saivat kasvavaa kannatusta uuden vuosisadan ja valistuksen myötä. Kuitenkin ennen niiden voittoa oli käytävä ns. isovihan (1713 21) myötä syvän alhon pohjalla. Venäläisten lähestyessä Turkua Akatemia pakkasi arkistonsa, kirjastonsa, valtikkansa ja rehtorin viitan laivoihin ja lähetti ne
Tukholmaan. Isoviha merkitsikin käytännössä Akatemian toiminnan loppumista; myös monet professoreista pakenivat Tukholmaan. Venäläiset käyttivät akatemiatalon alakertaa hevostallina. Isoviha katkaisi yliopiston toiminnan Turussa lähes vuosikymmeneksi. Akatemian toiminta elpyi kuitenkin hämmästyttävän nopeasti isovihan aiheuttamasta lamasta. Toiminnan käynnistyessä uudelleen 1722 yliopiston professorikunta oli lähes kokonaan uudistunut. Vain kolme sotaa edeltäneenä aikana toiminutta professoria oli palannut tehtäviinsä. Myös tieteellinen ajattelu oli muuttunut radikaalisti. Kaarle XII:n kuoltua 1718 loppui yksinvaltaisen hallitsija-absolutismin aika Ruotsissa ja todellisen vallan valtakunnassa saivat valtiopäiväsäädyt. Monet aikaisemmin arveluttavina pidetyt uudet tieteelliset näkemykset saivat vakiintuneen aseman. Kirjasto sai pääosin takaisin Tukholmaan viedyt kirjansa. Uudistunut yliopistokulttuuri asetti myös kirjapainotoiminnalle uusia vaatimuksia. Kuvitus lisääntyi. Akatemian kirjapainoon palkattiin kaivertajia, joiden tehtävänä oli valmistella kuva-aineistoja, joita käytettiin väitöskirjoissa ja muissa painatteissa. Väitöskirjojen laatu parani sekä sisällöllisesti että ulkoisesti ratkaisevasti 1700-luvun jälkipuoliskolla. Hyödyn käsite Valistus asetti akateemisen tutkimuksen tehtäväksi taloudellisen hyödyn ja valtion vaurauden edistämisen. Kotiseudun varallisuuden lähteiden tutkiminen tuli suosituksi. Upsalan suuret tiedemiehet Anders Celsius (1701-44) ja Carl von Linné (1707-78) näyttivät esimerkkiä, ja myös Turun Akatemiassa nousivat luonnontieteet ja talousoppi kukoistukseen. Sellaiset oppineet kuin taloustieteen professori Pehr Kalm (1716 79) ja luonnontieteilijät Pehr Adrian Gadd (1727 97) ja Carl Fredrik Mennander (1712 86) sekä Johan Gadolin (1760 1852) nostivat Turun Akatemian arvostusta niin Ruotsissa kuin ulkomaillakin. Kovien tieteiden puolella kuvaava on Johan Gadolinin ura. Hänen isänsä oli Turun Akatemian tähtitieteen professori, sittemmin myös teologian professori ja piispa. Gadolin opiskeli Akatemiassa Suomen ensimmäisen kemian professorin Pehr Gaddin johdolla ja jatkoi Upsalan yliopistossa tunnetun kemistin Torbern Bergmanin ohjauksessa. Uppsalassa Gadolin tutustui uusiin tutkimusmenetelmiin ja orgaaniseen kemiaan sekä julkaisi raudan analyysiä käsitelleen väitöskirjansa De analysi ferri vuonna 1781.
Gadolin palasi Turkuun 1783 ja lähti kaksi vuotta myöhemmin opintomatkalle Tanskaan, Saksaan, Alankomaihin ja Iso-Britanniaan. Hän tutustui Göttingenin, Amsterdamin, Lontoon ja Dublinin yliopistoihin sekä kaivoksiin Saksassa, Englannissa ja Irlannissa. Nykyisin niin muodissa oleva kansainvälistyminen olikin 1700-luvulla itsestään selvää. Gadolin oli 1700-luvun lopulla yksi johtavista termodynamiikan tutkijoista Euroopassa. Hän mm. määritteli ensimmäisenä peruskäsitteen ominaislämpö, mikä on nykyään keskeinen käsite fysiikan tutkimuksessa. Hän myös kirjoitti 1789 ensimmäisen modernin kemian oppikirjan Pohjoismaissa, "Inledning til Chemien". Gadolinista tuli kansainvälisesti erittäin tunnettu kemisti ja fyysikko hänen löydettyään ensimmäisenä harvinaisen metallin: vuonna 1792 Gadolin sai haltuunsa mustaa, raskasta mineraalia, jota olivat ennen häntä turhaan yrittäneet analysoida mm. kokeneet kemistit Bengt Reinhold Geijer ja Sven Rinman. Gadolinin huolelliset tutkimukset osoittivat, että mineraalissa oli uusi, alumiini- ja kalsiumoksidia muistuttava metallioksidi. Gadolin nimesi sen löytöpaikan mukaan yttriaksi eli yttriumoksidiksi. Tänä päivänä yttrium on keskeinen alkuaine mm. suprajohtavuutta tutkittaessa. Löytö avasi ja mahdollisti aiemmin tuntemattomien harvinaisten maametallien keksimisen. Gadolinin saavutuksen merkitystä ja tunnettavuutta osoittaa, että ranskalainen ja sveitsiläinen tutkija, jotka keksivät uuden alkuaineen vuonna 1880, nimesivät sen gadoliniumiksi. Uushumanismi Teologis-humanistisen yliopistokulttuurin valta-asema horjui aluksi luonnontieteiden saadessa aikaisempaa paljon vahvemman aseman opetuksessa. Toisaalta luonnontieteiden nousu veti mukanaan myös humanistiset tieteet. Ranskassa ja Englannissa oli jo pitkään kiistelty modernin kulttuurin ja antiikin kulttuurin keskinäisestä etevämmyydestä (la Querelle des Anciens et des Modernes). Ratkaisun vanhojen ja uusien vastakohtaisuuteen toi uusi antiikin harrastus ns. uushumanismi. Se muutti käsityksen antiikista uudenlaiseksi mutta siirsi samalla sen nykypäivässä historiaan. Luonnontieteiden nousu vahvisti modernistien asemaa myös Turussa 1740-luvulta lähtien. Varsinainen läpimurto tapahtui 1770-luvulla.
Kantavat nimet olivat Matthias Calonius (1737 1817) ja Henric Gabriel Porthan (1739 1804). Porthan seurasi laajasti tieteellistä kirjallisuutta ja oli monitieteinen tutkija, joka hallitsi kansatieteen, historian ja kielitieteen. Erityisesti Porthan kohdisti mielenkiintonsa Suomen kieleen ja historiaan. Porthanin toiminta varmisti Turun Akatemian nousun koko kuningaskunnan eturivin yliopistoksi. Caloniuksen lainopin professuurista (1778) katsotaan oikeustieteen todellisuudessa alkaneen Suomessa. Ruotsista tuli aatelispoikia opiskelemaan lakia Turkuun Caloniuksen johdolla. Jos nykyisin niin suosittuja yliopistojen ranking-listoja olisi pidetty 1700-luvun lopulla, Kuninkaallinen Turun Akatemia olisi vuosisadan lopulla sijoittunut kiistatta aivan kärkisijoille. Meillä on tuon ajan todistuksia asiasta: tunnettu englantilainen tutkimusmatkailija Edward Clark (1769 1822) kirjoitti matkallaan Ruotsista 1799, että Turun Akatemia voitti Upsalan yliopistonkin. Kuningas Kustaa III harkitsi Turun Akatemian olevan sopiva opiskelupaikka kruununprinssille, siis ennen Upsalaa. Kuninkaan luottomies ja Växjön piispa Wallquist lähetti lahjakkaimmat nuorukaiset Wäxjön kymnaasista Turkuun eikä lähiyliopistoon Lundiin, joka oli hänen mukaansa vajonnut kurjuuteen. Gaddin, Gadolinin ja Porthanin kaltaiset professorit olivat Turun maineen takana. Venäjän vallan alku Suomen sota ja venäläisten tulo 1808 osuivat Kuninkaallisen Turun Akatemian kannalta merkittävään ajankohtaan: kaikki voimavarat oli kohdistettu uuden akatemiatalon rakentamiseen. Jo pari päivää venäläisten tulon jälkeen varakansleri, piispa Jacob Tengström kävi venäläisten ylipäällikön, kreivi Buxhoevdenin luona lausumassa ilonsa venäläisten tulosta. Toukokuussa koko yliopisto varakanslerin toivomuksesta vannoi valan keisarille. Buxhoevden oli paikalla ja sata venäläistä sotilasta piiritti akatemiataloa. Kaikki varsinkaan studiosukset ja nuorempi opettajakunta eivät hyväksyneet myöntyväisyyspolitiikkaa. Tengströmin katsottiin aivan liian innolla häärivän myönnytysrintamalla. Yliopiston taululle ilmestyikin runo, joka vannoi kostoa yliopiston johdolle ja herätti suurta kohua:
Hvarje finne, som träldomseden stafvar förtviflad att ej vara fri skall ropa hämnd på edra grafvar om ni förut ej hängda bli. Jokainen suomalainen, joka orjuusvalaa tavaa toivottomana koska ei oo vapaa tulemme huutamaan kostoa haudoillanne jollette jo aiemmin kohtaa hirsipuutanne (käännös tämän kirjoittajan) Uhkauksista huolimatta valat vannottiin ja Akatemia pääsi nauttimaan myöntyväisyyden hedelmistä. Opettajakunnan määrää lisättiin ja Turku meni jopa Upsalan ja Tarton ohi. Akatemian piirissä vallitsi suuri riemu. Venäläiset vallanpitäjät pelkäsivät kuitenkin uusien aatteiden leviämistä lännestä. Akatemian ja erityisesti opiskelevan nuorison välit uusiin vallanpitäjiin kiristyivätkin nopeasti. Yhteenottoja opiskelijoiden ja venäläisen sotaväen välillä sattui tiheään. Kesäkuussa 1820 suuriruhtinas Nikolai joka oli valittu kansleriksi saapui henkilökohtaisesti Turkuun. Hän ilmoitti Ruotsin matkojen olevan kiellettyjä: Siellä eivät vallitse hyvät periaatteet. Tyytymättömyys levisi myös Akatemian opettajakunnan piiriin. Venäläiset turvautuivat karkotuksiin ja tilanne paheni entisestään. Kenraalikuvernööri Arseni Zakrevski kielsi jopa kaiken ylioppilaiden laulun kaupungin kaduilla, kujilla ja muilla yleisillä paikoilla. Turun palo 1827 antoi hyvän syyn siirtää Akatemia Helsinkiin ja antaa sille uusi nimi Aleksanterin yliopisto. Siellä sitä oli helppo vahtia ikkunasta Suurtorin yli! Helsinkiläiset tutkijat ovat nähneet muuttoa seuranneen suuren tieteellisen nousun. Näkemys on vailla pohjaa. Kytköksen katkaiseminen erityisesti Upsalan yliopistoon merkitsi kovien tieteiden paitsiota. Suomen tieteen kultakausi oli ohi. Voi helposti todeta, että Turun akatemia saavutti 1700-luvun lopulla kansainvälisen huippukohtansa. Ennen tai jälkeen tuon kukoistuskauden ei suomalainen tiede ole päässyt lähellekään samoja saavutuksia.