Rakennetaan eliöiden sukupuu

Transkriptio

1 Rakennetaan eliöiden sukupuu Jouko Rikkinen Internetissä on monia eliöiden luokittelua esitteleviä sivustoja. Joissakin niistä on tarjolla verkkotyökaluja, joiden avulla voit tutkia itseäsi kiinnostavien eliöiden sukulaisuussuhteita ja selvittää niiden aseman eliökunnan sukupuussa. Yksi mainio verkkoresurssi on yhdysvaltalainen National Center for Biotechnology Information -sivusto, ja erityisesti sen helppokäyttöinen Taxonomy common tree -verkkotyökalu ( Tässä on ohjeet Taxonomy common tree -verkkotyökalun käyttämiseksi. Työkalulla voi rakentaa sukupuita mistä tahansa eliöistä, josta on tietoa geenipankin tietokannassa. Laajassa tietokannassa on tietoa jo lähes eliölajista ( Verkkotyökaluun voi syöttää tieteellisiä lajinimiä, mutta myös lajia korkeampien taksonien nimiä (esim. suku, heimo, jne.). Eliöiden tieteellisiä nimiä voi etsiä esimerkiksi eläin- ja kasvikirjoista tai Internetistä. Tämän ohjeen tueksi on koottu kaksi valmista aineistoa tutuista ja vähän vieraammista eliöistä: toinen eläimistä ja toinen kasveista. Kustakin eliöstä on kuva ja tieteellinen nimi, jonka voi kopioida Taxonomy common tree - sivun yläreunassa olevaan Enter name or id -laatikkoon. Paina sen jälkeen Enter name or id -laatikkon vieressä olevaa Add -painiketta (tai näppäimistön Enter-näppäintä), jolloin eliön nimi tulee näkyviin sinisellä tekstillä. Eliöiden nimiä lisätään yksi kerrallaan, kunnes koko halutun valikoiman luokittelu ja sukulaisuussuhteet on saatu selville. Jos haluat rakentaa suuren sukupuun, eliöiden nimet kannattaa ensin kirjoittaa tekstinkäsittelyohjelmassa luetteloksi ja tallentaa tekstitiedostoksi. Tämän tiedoston voi syöttää verkkotyökaluun Add from file -toiminnon avulla. Etsi ensin tekstitiedosto omalta koneeltasi Selaa -painikkeen avulla ja syötä se tietokantaan Add from file -painikkeen avulla. BioPop:in sivuilla olevista kasveista ja eläimistä on ohessa valmiit tekstitiedostot, joita voit halutessasi käyttää (kopioi ne ensin omalle tietokoneelle).

2 Sudenkorennon (Anisoptera) ja traakkipuun (Dracaena) tieteellinen nimi on annettu sekä eläimelle että kasville. Niitä syötettäessä tietokanta pyytääkin selventämään, kummasta eliöstä olet kiinnostunut. Esimerkiksi traakkipuun nimen syöttäminen tuottaa tekstin Multiple nodes found for name 'Dracaena' check needed and push Add button again. Kahdesta vaihtoehdoista (Dracaena <Squamata> ja Dracaena <angiosperm>) rastitetaan oikea, eli Dracaena <angiosperm>, ja kyseinen valinta vahvistetaan painamalla Add - painiketta. Kimalaisen (Bombus) ja männyn (Pinus) nimiä syötettäessä tietokanta haluaa vahvistuksen siihen, onko kyseessä suvun (genus) vai alasuvun (subgenus) nimi. Voit rastittaa kumman haluat. Taxonomy common tree -verkkotyökalulla rakennetut sukupuut voi tallentaa tietokoneen muistiin. Niiden tarkasteluun ja muokkaukseen tarvitaan erityinen ohjelma esimerkiksi Internetistä ilmaiseksi saatava TreeView X -ohjelma käy tarkoitukseen mainiosti. Näillä sivuilla olevat, BioPop:in esimerkkieliöistä laaditut sukupuut on tuotettu Taxonomy common tree -verkkotyökalulla, tallennettu omalle tietokoneelle Phylip tree -muodossa ( Save as phylip tree ), avattu ja muokattu TreeView X -ohjelmalla, siirretty Copy/Pastekomennoilla piirrosohjelmaan (Microsoft Paint -apuohjelma) ja tallennettu siellä kuvatiedostoiksi (tallenna nimellä). Kaikkien BioPop:in sivuilla olevien esimerkkieliöiden sukupuu (Sukupuu A).

3 Kaikkien BioPop:in sivuilla olevien esimerkkieliöiden sukupuu, johon on merkitty myös sukua korkeampien taksonomisen hierarkian kategorioiden nimiä (sukupuu B). BioPop:in sivuilla olevien eläinten sukupuu (sukupuu C).

4 BioPop:in sivuilla olevien eläinten sukupuu, johon on merkitty myös sukua korkeampien taksonomisen hierarkian kategorioiden nimiä (sukupuu D). BioPop:in sivuilla olevien kasvien sukupuu (sukupuu E).

5 BioPop:in sivuilla olevien kasvien sukupuu, johon on merkitty myös sukua korkeampien taksonomisen hierarkian kategorioiden nimiä (sukupuu F).