OPINTO-OPAS

BIOINFORMAATIOTEKNOLOGIAN TUTKINTO-OHJELMA ESPOO 2009 OPINTO-OPAS 2009-2010 Toimittanut: Ville Kivimäki Eeva Seppä ISSN 1797-6790 ESPOO 2009 Multiprint Oy Teknillinen korkeakoulu Elektroniikan, tietoliikenteen ja automaation tiedekunta

2 Teknillinen korkeakoulu Elektroniikan, tietoliikenteen ja automaation tiedekunta PL 3000, 02015 TKK Käyntiosoite Otakaari 5 A, Otaniemi, Espoo puh. vaihde 09-4511 kanslia 09-451 6049 fax kanslia 09-451 2208 sähköposti muodossa: etunimi.sukunimi@tkk.fi Bioinformaatioteknologian tutkinto-ohjelman opinto-opas 2009-2010

SISÄLLYSLUETTELO 3 1. OPISKELIJAPALVELUT TARJOAVAN TIEDEKUNNAN ESITTELY... 7 1.1 Yleistä... 7 1.2 Hallinto ja yhteystiedot... 7 1.3 Toimikunnat ja työryhmät... 9 1.4 Yhteistyölaitokset... 9 1.4.1 Elektroniikan, tietoliikenteen ja automaation tiedekunta... 9 Automaatio- ja systeemitekniikan laitos... 9 Mikro- ja nanotekniikan laitos... 10 Elektroniikan laitos... 10 1.4.2 Kemian ja materiaalitieteiden tiedekunta... 11 Biotekniikan ja kemian tekniikan laitos... 11 Kemian laitos... 13 1.4.3 Informaatio- ja luonnontieteiden tiedekunta... 15 Tietojenkäsittelytieteen laitos... 15 Lääketieteellisen tekniikan ja laskennallisen tieteen laitos... 15 1.5 Elektroniikan, tietoliikenteen ja automaation kirjasto... 15 2. TUTKINTOJEN TAVOITTEET JA RAKENNE... 17 2.1 Bioinformaatioteknologian alemman tutkinto-ohjelman tavoitteet ja rakenne... 17 2.1.1 Alemman perustutkinnon tavoitteet... 17 2.1.2 Alemman perustutkinnon rakenne... 18 2.1.3 Perusopinnot ja perusaineiden laaja oppimäärä... 20 2.2 Bioinformaatioteknologian ylemmän tutkinto-ohjelman tavoitteet ja rakenne... 23 2.2.1 Ylemmän perustutkinnon tavoitteet... 23 2.2.2 Ylemmän perustutkinnon rakenne... 24 2.3 Rakennekaaviot... 28 3. BIOINFORMAATIONTEKNOLOGIAN TUTKINTO-OHJELMIEN MODUULIT JA PÄÄAINEET... 31 ALEMPI PERUSTUTKINTO eli tekniikan kandidaatin tutkinto... 31 Perusopinnot ja perusmoduulit... 31 3.1 Perusopintomoduuli S903-P (80 op)... 31 3.2 Ohjelman yhteiset opinnot S903-O (20 op)... 32 3.3 Perusmoduuli Biologinen tekniikka F305-1 (20 op)... 32 3.4 Perusmoduuli Laskennallinen ja kognitiivinen biotiede S119-1 (20 op)... 33 3.5 Perusmoduuli Bioelektroniikka S121-1 (20 op)... 33 Jatkomoduulit ja pääaineet... 34 PÄÄAINE Biologinen kemia ja biomateriaalit... 34 3.6 Jatkomoduuli Biologinen kemia ja biomateriaalit KE150-2 (20 op)... 35 PÄÄAINE Biologinen tekniikka... 35 3.7 Jatkomoduuli Biologinen tekniikka F305-2 (20 op)... 36 PÄÄAINE Laskennallinen ja kognitiivinen biotiede... 36 3.8 Jatkomoduuli Laskennallinen ja kognitiivinen biotiede S119-2 (20 op)... 37 PÄÄAINE Biotroniikka... 38 3.9 Jatkomoduuli Biotroniikka S121-2 (20 op)... 38 ALEMMAN PERUSTUTKINNON MUUT MODUULIT... 39 3.10 Sivuaine (20 op)... 39 3.11 Vapaasti valittavat opinnot S903-V (10 op)... 40 Bioinformaatioteknologian tutkinto-ohjelman opinto-opas 2009-2010

Bioinformaatioteknologian tutkinto-ohjelman opinto-opas 2009-2010 4 3.12 Kandidaatin seminaari- ja työ S903-K (10 op)...40 YLEMPI PERUSTUTKINTO eli diplomi-insinöörin tutkinto...41 Syventävät moduulit ja pääaineet...41 PÄÄAINE Biologinen kemia ja biomateriaalit...41 3.13 Syventävä moduuli Biomateriaalit KE152-3 (20 op)...41 3.14 Syventävä moduuli Biologinen kemia KE151-3 (20 op)...42 PÄÄAINE Biologinen tekniikka...43 3.15 Syventävä moduuli Biologinen fysiikka ja lääketieteellinen tekniikka F308-3 (20 op).44 PÄÄAINE Laskennallinen ja kognitiivinen biotiede...45 3.16 Syventävä moduuli Bioinformatiikka ja laskennallinen systeemibiologia T290-3 (20 op)...46 3.17 Syventävä moduuli Kognitiivinen neurotiede ja neuroinformatiikka T291-3 (20 op)...47 PÄÄAINE Bioautomatiikka...49 3.18 Syventävä moduuli Bioautomatiikka AS340-3 (20 op)...49 PÄÄAINE Biotroniikka...50 3.19 Syventävä moduuli Bioadaptiivinen tekniikka S360-3 (20 op)...51 3.20 Syventävä moduuli Bioelektroniikka ja laitetekniikka S250-3 (20 op)...52 3.21 Syventävä moduuli Mikro- ja nanosysteemit S351-3 (20 op)...53 ERIKOISMODUULIT...55 3.22 Erikoismoduuli Bioadaptiivinen tekniikka S360-C (20 op)...55 3.23 Erikoismoduuli Biologinen fysiikka ja lääketieteellinen tekniikka F308-C (20 op)...56 3.24 Erikoismoduuli Magneettikuvaus S351-C (20 op)...57 3.25 Erikoismoduuli Laskennallinen mallinnus ja data-analyysi S375-C (20 op)...57 YLEMMÄN PERUSTUTKINNON MUUT MODUULIT...58 3.26 Tieteen metodiikan opinnot S903-M (10 op)...58 3.27 Sivuaine (20 op + 20 op)...61 3.28 Vapaasti valittavat opinnot S903-W (20 op)...62 3.29 Diplomityö S903-D (30 op)...62 4. OPISKELUUN LIITTYVÄT KÄYTÄNNÖT...63 4.1 Opetus- ja tenttijaksot...63 4.2 Luku- ja tenttijärjestykset...63 4.3 HOPS...63 4.4 Tutkintorakenteen siirtymäkautena huomattavaa...64 4.5 Tutkintojen tavoitteelliset ja sallitut suorittamisajat...65 4.6 Kurssit ja opintojaksot...66 4.7 Tentit ja välikokeet...67 4.8 Suoritusmerkinnät ja opintorekisteri...68 4.9 Opintosuoritukset, oikeusturva ja kurinpito...69 4.10 Toisen vaiheen valinnat...70 4.10.1 Sisällä siirtyjät...70 4.10.2 Maisterivaiheen haku ulkopuolelta...71 4.11 Opintohyvitykset muualla suoritetuista opinnoista...73 4.12 Tutkintotodistukset ja valmistuminen...73 4.12.1 Alempi perustutkintotodistus - tekniikan kandidaatti...74 4.12.2 Ylempi perustutkintotodistus - diplomi-insinööri...74 4.12.3 Todistuksenjakotilaisuus...75 4.12.4 Ura- ja rekrytointipalvelut...75 4.12.5 Alumnitoiminta...75 4.13 Kirjastot...76

5 4.13.1 Teknillisen korkeakoulun kirjasto... 76 4.13.2 Muut kirjasto... 76 5. OHJAUS JA OPINTONEUVONTA... 78 5.1 Tuutorointi... 78 5.2 Opintojen suunnittelu ja HOPS... 79 5.3 Opinto- ja harjoitteluneuvojat... 80 5.4 Kanslia... 81 5.5 Opintososiaaliset asiat sekä muu neuvonta ja ohjaus... 82 5.5.1 Opintotoimisto/TKK-päärakennus... 82 5.5.2 Opintotuki... 82 5.5.3 Terveydenhoito... 83 5.5.4 Esteetön opiskelu... 83 5.5.5 TKY:n opintososiaaliset palvelut... 83 5.5.6 Muita palveluja... 83 6. OPETUS, ARVIOINTI JA PALAUTE... 85 6.1 Opetusmenetelmät... 85 6.2 Arviointi ja arvosanat... 86 6.3 Opetuksen arviointi ja kehittäminen... 87 6.3.1 Hyvän kurssin tunnusmerkit... 87 7. HARJOITTELU... 89 7.1 Työnhakuun ja harjoitteluun liittyvät palvelut TKK:lla... 89 7.2 Harjoittelun tavoitteet... 89 7.3 Harjoittelupaikan hakeminen... 89 7.4 Kansainvälinen harjoittelu... 90 7.5 Ulkomaan harjoittelun apurahat... 90 7.6 Harjoittelun hyväksymistä koskevat ohjeet... 90 7.6.1 Harjoitteluraportti... 90 7.6.2 Harjoittelun opintopisteet... 91 7.7 Harjoittelua koskevat tutkinto-ohjelmakohtaiset ohjeet... 91 8. OPINNOT MUISSA YLIOPISTOISSA... 93 8.1 Valtakunnallinen JOO-sopimus... 93 8.2 Kansainvälinen opiskelu... 94 8.2.1 Opiskelijavaihto... 94 8.3 Suomen virtuaaliyliopisto (SVY)... 97 9. KANDIDAATINTYÖ JA KANDIDAATTISEMINAARI... 99 9.1 Kandidaatintyön ja kandidaattiseminaarin tavoitteet ja sisältö... 99 9.2. Kandidaatintyön ja kypsyysnäytteen kielivaatimukset... 100 9.3 Kandidaattiseminaarin toteutus... 101 10. DIPLOMITYÖ... 102 10.1 Diplomityön aihe ja kieli... 102 10.1.1 Diplomityön aiheen hakeminen... 102 10.1.2 Diplomityön arviointi ja arvostelu... 102 10.2 Kypsyysnäyte... 103 Bioinformaatioteknologian tutkinto-ohjelman opinto-opas 2009-2010

6 11. AVOIN YLIOPISTO-OPETUS...104 12. TIETEELLINEN JATKOKOULUTUS...106 12.1 Jatkotutkinnot...106 12.2 Jatko-opintojen aloittaminen...106 12.3 Esitietovaatimukset...107 12.4 Päätoiminen ja sivutoiminen jatko-opiskelu...107 12.5 Hakuajat jatkokoulutukseen...107 12.6 Jatkotutkinnon rakenne ja sisältö...107 12.7 Jatko-opintojen rahoitus...108 12.8 Lisätietoja jatko-opinnoista...108 13. ATT STUDERA VID TEKNISKA HÖGSKOLAN...109 13.1 Examensstruktur och målsättning...109 13.1.1 Lägre grundexamen...109 13.1.2 Högre grundexamen...111 13.1.3 Praktik...113 13.2 Studier vid Tekniska högskolan...113 13.2.1 Undervisning, examination och utvärdering...113 13.2.2 Läs- och tentordningar, kurser och studieplanering...113 13.2.3 Att studera på svenska...114 13.2.4 Begränsning av studietiderna...115 13.2.5 Byte av examensprogram...116 13.3 Det nya Aalto-universitetet...116 13.4 Studier vid andra högskolor...117 13.5 Studiehandledning...117 14. AALTO-YLIOPISTO...119 LIITE 1 Pakollisen vieraan kielen suorituksiin kelpaavat kielten kurssit...120 LIITE 2 Bioinformaatioteknologian alemman perustutkinnon mallilukujärjestys...122 Bioinformaatioteknologian tutkinto-ohjelman opinto-opas 2009-2010

1. OPISKELIJAPALVELUT TARJOAVAN TIEDEKUNNAN ESITTELY 1.1 Yleistä Bioinformaatioteknologian tutkinto-ohjelman opinto-opas 2009-2010 7 Elektroniikan, tietoliikenteen ja automaation tiedekunta on yksi Teknillisen korkeakoulun neljästä tiedekunnasta. Opetuksesta ja tutkimuksesta vastaa tiedekunnan 50 professoria. Elektroniikan, tietoliikenteen ja automaation tiedekunta vastaa automaatio- ja systeemitekniikan, elektroniikan ja sähkötekniikan sekä tietoliikennetekniikan tutkintoohjelmista ja verkostomaisen bioinformaatioteknologian tutkinto-ohjelman koordinoinnista ja hallinnoinnista. Lisäksi tiedekunta vastaa myös seuraavista Master s ohjelmista: Master s Degree Programme in Space Science and Technology Master s Programme in Communications Ecosystem Master s programme in Communications Engineering Master s Programme in Electrical Engineering Master s Programme in Micro- and Nanotechnology Master s Programme in Radio Science and Engineering Keväällä 2009 tiedekunnassa oli yhteensä noin 2720 aktiivista perustutkinto-opiskelijaa suorittamassa tekniikan kandidaatin (TkK) tai diplomi-insinöörin (DI) tutkintoa ja 620 aktiivista jatkotutkinto-opiskelijaa suorittamassa tekniikan lisensiaatin (TkL), tekniikan tohtorin (TkT) tai filosofian tohtorin (FT) tutkintoa. Kansainvälistyminen näkyy tiedekunnassa vahvasti, sillä joka kahdeksas ylempää korkeakoulututkintoa tai jatkotutkintoa suorittava on kansallisuudeltaan muu kuin suomalainen. 1.2 Hallinto ja yhteystiedot Teknillisen korkeakoulun yleistä hallintoa hoitavat korkeakoulun hallitus, neuvottelukunnat, rehtori ja vararehtorit sekä hallinto-osasto. Tiedekunnan hallinnosta vastaavat tiedekuntaneuvosto, koulutusneuvostot sekä dekaani ja varadekaanit. Tiedekuntaneuvostoon kuuluu dekaani, 7 laitoksen johtajaa, tiedekuntaan kuuluvan erillisen laitoksen johtaja, 4 muun henkilökunnan edustajaa, 4 opiskelijoiden edustajaa ja 2 yliopiston ulkopuolista edustajaa. Tiedekuntaneuvoston tehtävänä on mm. toimia ehdollepanoviranomaisena täytettäessä professorin virkaa, päätettäessä tällaisen viran täyttämistä koskevan asian raukeamisesta tai päätettäessä kutsumismenettelyyn ryhtymisestä, ja nimittää virkoihin, joihin nimittäminen johtosäännön mukaan kuuluu tiedekuntaneuvoston tehtäviin. Lisäksi tiedekuntaneuvoston tehtävänä on tehdä hallitukselle esitykset mm. tiedekunnan uusien opiskelijoiden määrästä, koulutusta koskevista asioista, tulossopimuksesta ja määrärahojen jakamisesta, määrätä väitöskirjojen ja lisensiaatintutkimusten tarkastajat, arvostella väitöskirjat ja lisensiaatintutkimukset sekä hyväksyä lisensiaatin ja tohtorin tutkinnot, asettaa koulutusasioita käsittelevät koulutusneuvostot ja vahvistaa tiedekunnan tutkinto-ohjelmien koulutuksen sisällöt.

8 Tiedekuntaneuvoston puheenjohtajana toimii dekaani, esittelijöinä hallintopäällikkö ja suunnittelijat. Tiedekuntaneuvoston ja dekaanin toimikausi on kolme vuotta. Tiedekuntaneuvoston ja dekaanin tehtävät ja asema määritellään tarkemmin Teknillisen korkeakoulun hallintojohtosäännössä. Dekaanina toimii professori Jorma Kyyrä (huone I 424, puh. 451 2436). Tiedekunnan varadekaaneina toimivat professorit Jorma Skyttä (huone G407, puh. 451 2450) ja Raimo Sepponen (huone St285, puh. 451 2300). Tiedekunnassa toimii neljä koulutusneuvostoa, joiden tehtävinä on tehdä tiedekuntaneuvostolle ehdotukset tutkinto-ohjelmien opintosuunnitelmista, määrätä kandidaattiseminaarien vastuuopettajat, diplomitöiden valvojat ja ohjaajat sekä arvostella diplomityöt. Lisäksi koulutusneuvostot hyväksyvät ohjelmiinsa suoritetut tekniikan kandidaatin ja diplomi-insinöörin tutkinnot. Koulutusneuvoston puheenjohtajana toimii kyseisen tutkintoohjelman vastuuprofessori ja esittelijänä tutkinto-ohjelmasta vastaava suunnittelija. Otakaari 5 A kanslian yhteystiedot Hallintopäällikkö Maaret Djupsjöbacka, huone E423, kanslia, puh. 09 451 2200 Koulutusasiantuntija Perttu Puska, jatko-opintoasiat, huone E417, kanslia, puh. (09) 451 2158 Suunnittelijat Ville Kivimäki (31.8.2009 asti), perusopintoasiat, EST- ja TLT-ohjelmat, JOO-opinnot, kurssipalautejärjestelmä, huone E415, kanslia, puh. 09 451 6105 Eeva Seppä, perusopintoasiat, BIO-ohjelma, OpLaa, tuutorointi, huone E415, kanslia puh. 09 451 5011 Kv-suunnittelija Anita Bisi, Master s-ohjelmat, kansainväliset asiat, huone E424, kanslia, puh. 09 451 5381 Kv-koordinaattori Jenni Tulensalo, Master s-ohjelmat, kansainväliset asiat, huone E419, kanslia, puh. 09 451 2512 Osastosihteeri Katrina Nykänen, jatko-opintoasiat, aamupäivisin: huone E425, kanslia, puh. 09 451 5323, iltapäivisin: huone C 211, puh. 09 451 2264 Opintosihteerit Pia Dahlin, huone E413, kanslia, puh. 09 451 2201 Henna Paananen, huone E413, kanslia, puh. 09 451 2202 Toimistosihteeri Raijaliisa Karhu, huone E425, kanslia, puh. 09 451 5323 Kanslian käyntiosoite Elektroniikan, tietoliikenteen ja automaation tiedekunta, Otakaari 5A, 4. kerros, huoneet E411, E413 ja E425, Otaniemi, Espoo. Kanslian sähköposti eta.kanslia@tkk.fi Kanslian Teknillinen korkeakoulu, Elektroniikan tietoliikenteen ja automaation postiosoite Kanslian puhelin 09 451 6049 Kanslian fax 09 451 2208 tiedekunta, PL 3000, 02015 TKK Tiedekunnan kotisivu http://electronics.tkk.fi/ Opintoneuvola sopinto@cc.hut.fi Bioinformaatioteknologian tutkinto-ohjelman opinto-opas 2009-2010

1.3 Toimikunnat ja työryhmät 9 Tiedekunnassa toimii useita toimikuntia tiedekunnan johdon apuna. Niiden tehtävänä on valmistella asiat tiedekuntaneuvoston, koulutusneuvostojen tai dekaanin päätettäviksi ja kehittää tiedekunnan toimintaa. Useimmissa toimikunnissa on myös opiskelijaedustajia. Jatko-opintotoimikunnissa käsitellään jatko-opintoasioita: tutkintovaatimusten hyväksyttämiseen, opinnäytteisiin ja tutkintojen suorittamiseen liittyviä asioita. Opetuksen laatutoimikunta eli OpLaa keskittyy opetuksen kehittämiseen ja arviointiin mm. vastaamalla kurssipalautejärjestelmästä, järjestämällä kaikille avoimia keskustelutilaisuuksia ja kehittämällä tuutoritoimintaa. Lisäksi tiedekunnassa on muita toimikuntia, joiden tehtävistä ja joihin kuuluvista henkilöistä saa tietoa hallintopäälliköltä, suunnittelijoilta ja opintoneuvolasta. 1.4 Yhteistyölaitokset Bioinformaatioteknologian tutkinto-ohjelma sijoittuu elektroniikan, tietoliikenteen ja automaation tiedekuntaan ja opiskelijat kuuluvat näin ollen tämän tiedekunnan palveluiden piiriin. Tutkintoohjelman toteuttamisessa ovat mukana TKK:lla useat tahot. Ohjelmaa tehdään yhteistyössä informaatio- ja luonnontieteiden tiedekunnan sekä kemian ja materiaalitieteiden tiedekunnan kanssa. Seuraavassa esitellään lyhyesti ne laitokset, jotka tuottavat opetusta tutkinto-ohjelmaan. 1.4.1 Elektroniikan, tietoliikenteen ja automaation tiedekunta Automaatio- ja systeemitekniikan laitos Henkilökunta Automaatiotekniikan opetuksesta ja tutkimuksesta vastaa 2 professoria sekä joukko tutkijoita. Henkilökuntaa on yhteensä noin 40. Tutkimus ja opetus Automaatiotekniikka käsittelee laitteiden, koneiden ja prosessien ohjaamista automaattisesti ilman ihmisen välitöntä vaikutusta. Opiskelijoiden tulevia työllistäjiä ovat automaatiojärjestelmiä ja - laitteita valmistavat yritykset, konevalmistajien automaatio-osastot, automaatiota suunnittelevat konsulttiyritykset ja suurten teollisuuslaitosten automaatio-osastot. Tutkimusryhmissä tehdään sekä itsenäistä perustutkimusta että teollisuusyritysten kanssa usein tiiviissä yhteistyössä soveltavaa tutkimusta. Tutkimusryhmät osallistuvat myös EU:n ja ESA:n tutkimushankkeisiin. Tutkimus kohdistuu seuraaville alueille: älykkäät koneet ja erikoisrobotiikka, virtuaalitekniikan ja etäläsnäolon sovellutukset, energiateknologia, systeemiteoria ja signaalinkäsittelyn tutkimus ja bioprosessit. Bioinformaatioteknologian tutkinto-ohjelman opinto-opas 2009-2010

10 Edellä mainittuja tutkimuksen osa-alueita painotetaan myös opetuksessa. Automaatiotekniikan opinnot tarjoavat laaja-alaiset mahdollisuudet suuntautua automaatiotekniikan alalla. Sivuaineen valinta tukee myös erikoistumista oman alan sisällä. Mikro- ja nanotekniikan laitos Lisätietoja laitoksen verkkosivuilta http://www.micronova.fi/index.html Elektroniikan laitos Elektroniikan laitokseen sijoittuvassa elektroniikan valmistustekniikan (EVT) yksikössä tutkitaan elektroniikan ja bioelektroniikan suunnittelua, valmistusta ja luotettavuutta materiaalitiedelähtöisesti. Sovelletun elektroniikan (Sovel) yksikkö kouluttaa elektroniikan suunnittelu- ja valmistusprosessiin perehtyviä asiantuntijoita elektroniikkalähtöisesti. Kokonaistavoitteena on, että laitokselta valmistuvat BioIt-opiskelijat kykenevät näkemään tuotekehityksen osana laajempaa kokonaisuutta, jossa toimintaa säätelevät puhtaan tekniikan taitamisen ohella myös monet muut mm. toimintaympäristön, markkinoiden ja toimialakohtaiset lainsäädännön asettamat reunaehdot. Opetus EVT:n tarjoamat syventävät moduulit perusopiskelijoille ovat elektroniikan luotettavuus ja integrointi (EST) sekä bioadaptiivinen tekniikka (EST/BIO). Sovel tarjoaa perusopiskelijoille syventävät moduulit elektroniikka ja mittaustekniikka (EST) ja bioelektroniikka ja laitetekniikka (EST/BIO). EVT vastaa Suomen Akatemian kansallisesta Elektroniikan valmistuksen tutkijakoulun toiminnasta, jonka puitteissa koulutetaan alan jatko-opiskelijoita. Tutkimus Tutkimuksen keskeinen aihe on elektroniikka-, fotoniikka- ja bioadaptiivisten laitteiden luotettavuus. Tutkimuksissa keskitytään ensisijassa erilaisten materiaalien elollisten tai elottomien rajapintailmiöihin, ja niitä ymmärtämällä pyritään vaikuttamaan rajapintayhteensopivuuteen. Tutkimustyössä yhdistyy teoreettinen mallinnus ja kokeellinen tutkimus yhtenäiseksi lähestymistavaksi. Tutkimusprojektit ovat perustutkimuksen ja tuotekehityksen välimuotoja. Projekteissa on vahva teollisuusintressi ja opiskelijat perehdytetään todellisten, markkinoitavien tuotteiden kehittämiseen - sovellusalueen problematiikkaan. Laitoksen toimintaa tukevat Suomen Akatemia, TEKES, Euroopan yhteisö sekä lukuiset kotimaiset ja ulkomaiset elektroniikka-alan yritykset. Lisäksi tutkimusyhteistyötä harjoitetaan useiden ulkomaisten yliopistojen ja tutkimuslaitosten kanssa.

11 1.4.2 Kemian ja materiaalitieteiden tiedekunta Kemian ja materiaalitieteiden tiedekunnassa BioIT ohjelmaan osallistuvat Kemian laitos sekä Biotekniikan ja kemian tekniikan laitos. Kemian laitoksella BioIT ohjelmaan opetusta antavat orgaaninen kemia ja fysikaalinen kemia. Biotekniikan ja kemian tekniikan laitoksella vastaavasti opetusta antavat biokemia, mikrobiologia, bioprosessitekniikka ja polymeeriteknologia. Bioinformaatioteknologian tutkinto-ohjelmassa nämä 5 yksikköä vastaavat pääaineesta Biologinen kemia ja biomateriaalit, jossa vastuuhenkilöinä toimivat professorit Jukka Seppälä ja Matti Leisola. Syventäviä moduuleja ovat Biomateriaalit (KE152-3) ja Biologinen kemia (KE151-3). Biotekniikan ja kemian tekniikan laitos Biotekniikan ja kemian tekniikan laitoksen ydinosaamisalue rakentuu teollisten prosessien ja niiden tuotteiden tutkimuksesta ja kehittämisestä. Ajankohtaisia tutkimuskohteita ovat mm. biomassapohjaisten raaka-aineiden hyödyntäminen, teollisen mittakaavan biotekniset prosessit, ja erityyppisten nanorakenteisten materiaalien kehittäminen. Biokemia ja mikrobiologia KE 30 Biokemian ja mikrobiologian opetuksen tavoitteena on antaa opiskelijalle kokonaiskuva teollisen biotekniikan ydinaineksista, tieteellisestä perustasta ja sovellutuksista. BioIT opiskelijoille opetuksen painopistealueet kattavat ekotehokkaat uudet tuotantotavat, bioenergian uudet ratkaisut sekä toisaalta terveydenhuollon ja hyvinvointiteknologian kehittäminen vastaamaan yhteiskunnan ja elinkeinoelämän haasteisiin globaalilla tasolla. Opetus Biokemian ja mikrobiologian opetus keskittyy mm. prosessibiokemiaan, elintarvikebiokemiaan, käymisprosesseihin, mikrobigenetiikkaan, lääketieteelliseen ja elintarvikemikrobiologiaan sekä bioteknisten tuotteiden tuotekehitykseen. Yhteistyölaboratorioiden monitieteisessä opetuksessa painottuvat mm. biokemia, bioenergetiikka, biopolttoaineet, proteomiikka, biofysikaalinen kemia, terapeuttiset proteiinit ja peptidit, uudet lääkkeenantoteknologiat, kudosteknologia, vasta-aine-, PCR- ja biochip tekniikat. Tutkimus Biokemian tutkimusryhmä tutkii ja kehittää bio- ja elintarvikeprosesseja, terveysvaikutteisia tuotteita ja ratkaisuja biopolttoaineiden tuotekehitykseen. Yhdessä alan teollisuuden kanssa kehitetään uusia toimintamalleja ja tuotekehitysstrategioita, joiden avulla uusien innovatiivisten biolääkkeiden kaupallistamista voidaan edistää. Mikrobiologian tutkimus keskittyy mikrobiologisen riskin hallintaan biologisissa lääkkeissä, kuten esim. kudosteknologiassa poikkitieteellisessä tutkimusverkostossa, jossa toimii niin

12 terveydenhuollon kuin tekniikan ammattilaisia kuten myös kauppatieteilijöitä ja matemaatikkoja, yliopistoissa ja alan yrityksissä. Mikrobiologisen riskin hallintaa tutkitaan myös kemian teollisuudessa, jossa tavoitteena on muodostaa uusia malleja ekotehokkaille tuotantotekniikoille. Bioprosessitekniikka KE 70 Bioprosessitekniikassa opetetaan ja tutkitaan biotekniikkaa prosessinäkökulmasta. Opiskelijoiden tulevia työllistäjiä ovat bio-, elintarvike-, kemian- ja lääketeollisuus sekä esim. prosessisuunnitteluun erikoistuneet insinööritoimistot. Laboratorion tutkimusaiheita ovat bioteknisesti valmistettujen tuotteiden prosessisuunnittelu ja modifiointi. Tutkimuksessa hyödynnetään geenitekniikkaa, metaboliamallinnusta, bioreaktoritekniikkaa ja erilaisia biokatalyyttien (entsyymit, solut, solukot) muokkausmenetelmiä. Tästä esimerkkinä on rehu- ja puunjalostusteollisuudessa hyödynnettävän ksylanaasientsyymin ph- ja lämpötilaoptimin muokkaus. Perusopetus on sovelluspainotteista ja keskittyy uusien bioteknisten tuotteiden, prosessien ja yksikköoperaatioiden suunnitteluun ja hyödyntämiseen. Pääpaino on uusilla materiaaleilla, menetelmillä ja teollisuusprosessien suunnittelulla. Keskeiset teemat opetuksessa ovat: 1. Entsyymien ja metabolian muokkaus teollisiin prosesseihin 2. Uusien entsyymi- ja solukasvatustekniikoiden kehittäminen 3. Biotekniset tuotantoprosessit ja niiden suunnittelu 4. Prosessien jälkikäsittelytekniikat ja scale-up. Tutkimus Tutkimuksen painopisteitä ovat biokatalyyttien suunnittelu ja teollisesti mielenkiintoiset biokatalyyttiset prosessit. Kiinnostuksen kohteena ovat: 1. Teollisuusentsyymien muokkaus 2. Uuden entsyymiteknologian kehittäminen kiteisten entsyymien avulla 3. Mikrobimetabolian mallinnus ja muokkaus hienokemikaalituotantoa varten 4. Teollisuuden sivuvirtojen uudet sovellukset 5. Bioprosessien mallintaminen. Tutkimusta tehdään pääasiassa yhteistyönä kansallisten ja kansainvälisten teollisuuspartnerien kanssa. Polymeeriteknologia KE 100 Polymeeriteknologia TKK:lla painottuu uusien polymeerien syntetisointiin, karakterisointiin sekä uusien polymeeripohjaisten materiaalien kehittämiseen. Uusia materiaaleja kehitetään synteesimodifioinnin, seosten ja komposiittiteknologian keinoin. Sovellusalueet ovat laajat paperin painopinnan modifioinnista kontrolloidun lääkeannostuksen materiaaleihin. Polymeerejä käytetään laajalti biomateriaaleissa mm. kudosteknologian tukirakenteissa ja erilaisissa komposiittimateriaaleissa yhdistettynä metalliin tai biokoeraameihin.

13 Polymeeriteknologiassa perehdytään polymeereihin perustuvien teknisten materiaalien kuten muovien rakenteeseen, valmistamiseen ja työstöön liittyviin seikkoihin sekä teoria- että laboratoriokursseilla. Polymeeriteknologia on tärkeä osa-alue uusien materiaalien kehityksessä linkittyen vahvasti muuhun kemian tekniikkaan ja orgaaniseen kemiaan. Opetuksen keskeiset teemat ovat polymeeriteknologian perusteiden hallinta ja makromolekyylien erityispiirteet sekä polymerointiprosessien että karakterisoinnin osalta. Lisäksi opetusta annetaan erityis- ja syventävien kurssien puitteissa ajankohtaisista aiheista. Polymeeriteknologian tutkimus jakautuu laaja-alaisesti polyolefiinien katalyyttitutkimuksesta erityyppisiin komposiittimateriaaleihin. Oma tutkimusalueensa ovat biopolymeerit, joita laboratoriossa on tutkittu laajasti. Tutkimus on kattanut sekä massasovelluksiin soveltuvia maitohappopohjaisia biohajoavia polymeerejä että biohajoavien polymeerien kehittämistä lääketieteellisiin sovelluksiin. Biohajoavia polymeerejä on tutkittu sekä kontrolloidun lääkeaineannostuksen sovelluksiin että kudosteknologisiin tukirakenteisiin yhteistyössä yliopistoyksiköiden ja alan yritysten kanssa. Tutkimuksen painopisteitä ovat Amfifiilisten vesiliukoisten lohkopolymeerien synteesi Johdepolymeerimateriaalien kehittäminen Biohajoavien polymeerien synteesi ja soveltaminen biomateriaaleina Polyolefiinikatalyyttitutkimus Nanokomposiittitutkimus Kemian laitos Kemian laitos on yksi TKK:n kuudesta alkuperäisestä laitoksesta, ja sen opetuksella ja tutkimuksella on vahvat perinteet. Nykyinen kansainvälisesti huipputasoinen tutkimuksemme painottuu orgaanisen, epäorgaanisen, fysikaalisen ja analyyttisen kemian aloille. Luonnonilmiöt ja luonnonaineet antavat virikkeen tutkimuksellemme. Yksittäisen atomin ja jopa orbitaalin tarkkuudella mallinnamme ja suunnittelemme uusia yhdisteitä, joiden valmistusta varten keksimme ja kehitämme uusia keinoja. Lopputuloksena saamme uusia kemiallisia yhdisteitä niin materiaali- kuin biolääketieteellisiin sovelluksiin. Havainnointia ja mittauksia varten kehitämme herkkiä ja luotettavia analyysimenetelmiä. Valmistusmenetelmien kehityksessä otamme huomioon molekyylin koko elinkaaren raaka-aineesta tuotteen kautta kierrätysmateriaaliksi ja sovellamme kestävän kehityksen ja vihreän kemian periaatteita. Laitokselta valmistuneet sijoittuvat työelämässä asiantuntija- ja tutkijatehtäviin niin yliopistoihin kuin monille teollisuudenaloille: esim. kemian-, lääke-, materiaali-, elektroniikka- ja energiateollisuuteen. Fysikaalisen kemian ja sähkökemian laboratorio KE 31 Nimensä mukaisesti fysikaalinen kemia liikkuu fysiikan ja kemian välimaastossa. Perinteisesti se tutkii kemiallisessa systeemissä tapahtuvia tilanmuutoksia (termodynamiikka) ja muutosten nopeutta (dynamiikka). Tämän lisäksi fysikaaliseen kemiaan kuuluu myös sähkökemia sekä

14 kvanttikemia ja spektroskopia. Fysikaalisen kemian koko skaala on siis hyvin laaja, mutta laboratoriomme päätutkimusalat ovat kemiallinen termodynamiikka ja sähkökemia. Fysikaalisen kemian sovellusalueet ovat viime vuosina muuttuneet, ja ne ovat lähestyneet voimakkaasti biotieteitä ja materiaalitutkimusta. Uusina aiheina laboratoriossamme on nanopartikkelien valmistus ja karakterisointi, uusien lääkeantotekniikoiden sekä oligonukleotidien ja polypeptidien annostelun kehitys. Myös modernia tietokoneavusteista kemiallista termodynamiikkaa kemian teollisuuden ja ympäristönsuojelun tarpeisiin tutkitaan laboratoriossamme. Opetus Laboratorio antaa fysikaalisen kemian perusopetusta kemian- ja materiaalitekniikan sekä insinööritieteiden ja arkkitehtuurin tiedekuntien ohjelmiin ja verkostomaiseen bioinformatioteknologian tutkinto-ohjelman opiskelijoille. Jatko-opiskelijoiden koulutus tapahtuu tutkijakoulun "Polymeerien, membraanien ja biomembraanien sähkökemia sovellutuksineen" puitteissa. Tutkimus Tutkimuksen painopisteitä ovat: 1. Farmaseuttiset ja biologiset sähkökemialliset sovellukset 2. Polttokennot 3. Metallipintojen sähkökemiallinen karakterisointi 4. Nanoluokan kemian ilmiöt, laitteet ja sovellukset 5. Hiilidioksidin liukoisuus ja reaktiot biologisissa systeemeissä. Tutkimuksen rahoittajia ovat TEKES, Suomen Akatemia, Opetusministeriö, EU ja alan teollisuus. Orgaaninen kemia KE 4 Laboratorio antaa nykyaikaisen synteettisen orgaanisen kemian sekä analyyttisen orgaanisen kemian opetusta. Sovellutukset ovat erityisesti painottuneet asymmetriseen synteesiin, kemialliseen biologiaan, molekyylintunnistukseen ja vihreän kemian valmistusteknologiaan (esim. organokatalyysi). Nykyaikainen synteettinen orgaaninen kemia on avainasemassa niin lääketeollisuudessa kuin materiaaliteknologiassakin. TKK:lta valmistuneet orgaanikot osaavat valmistaa uusia aineita, joiden ominaisuuksia voidaan räätälöidä kulloiseenkin käyttötarkoitukseen. Orgaanisen kemian laboratorion opetuksessa käytetään enenevästi hyväksi nykyaikaisia opiskelu- ja tiedonhakumenetelmiä. Kokeellisen työskentelyn merkitys korostuu opetuksessa, ja opiskelijoiden opinnäytetöiden tekeminen tapahtuukin usein tutkimusryhmissä.

15 1.4.3 Informaatio- ja luonnontieteiden tiedekunta Tietojenkäsittelytieteen laitos Tietojenkäsittelytieteen laitoksen tavoitteena on edistää tietojenkäsittelyn matemaattisten, tilastollisten ja laskennallisten menetelmien opetusta ja tutkimusta sekä niiden soveltamista vaativien teknistieteellisten suunnittelu- ja analyysitehtävien ratkaisuun. Yksi painoalue on adaptiivinen informatiikka, missä koneoppimismenetelmin pyritään löytämään suurten tietoaineistojen rakennetta selittäviä käsitteitä, komponentteja sekä niiden välisiä suhteita. Toinen painopiste on tietojenkäsittelyteoria, missä kehitetään matemaattisia menetelmiä laskennallisten ongelmien mallintamiseen, analysointiin ja ratkaisuun. Tietojenkäsittelytieteen laitoksessa toimii kaksi kansallista tutkimuksen huippuyksikköä: Adaptiivisen informatiikan tutkimuksen huippuyksikkö sekä Algoritmisen data-analyysin huippuyksikön Pattern Discovery -ryhmä. Lääketieteellisen tekniikan ja laskennallisen tieteen laitos Tutkimuksen keskipisteessä ovat elävät ja muut kompleksiset systeemit, niiden mittaaminen, analysointi, ymmärtäminen ja hallinta. Mielenkiintomme suuntautuu pienestä isoon: kvantista, molekyylien vuorovaikutukseen; nanosysteemeistä hermostoihin, aivoihin ja sydämeen; ja tietoisuuteen, sosiaalisiin verkkoihin ja kansantalouteen; ja edelleen it-teknologiasysteemeihin. Työssämme yhdistämme kokeellista tutkimusta ja laskennallisia menetelmiä. Kehitämme algoritmeja ja uusia teknologioita, joilla selvitämme terveydenhuoltoon, lääketieteelliseen diagnostiikkaan, yhteiskuntaan, energiaan ja ympäristöön liittyviä ongelmia. http://www.becs.tkk.fi/fi/ 1.5 Elektroniikan, tietoliikenteen ja automaation kirjasto Elektroniikan, tietoliikenteen ja automaation kirjasto tarjoaa tieto- ja kirjastopalveluja tutkimuksen ja opiskelun tarpeisiin. Kirjasto hankkii käyttöön erityisesti tiedekunnan tutkimusalojen aineistoja. Lainausoikeuden voivat saada kaikki halukkaat. Kirjaston palveluihin kuuluu aikakausjulkaisuja, kirjallisuutta, opinnäytteitä, kurssikirjoja, opetusmonisteita, opinnäytteiden elektroninen arkisto, tietokantoja, lukusali, ryhmätyöhuoneita sekä työasemia. Kirjaston henkilökunta opastaa tietoaineistojen ja muiden palvelujen käytössä.

16 Kaikki elektroniikan ja sähkötekniikan, tietoliikennetekniikan ja bioinformaatioteknologian tutkinto-ohjelmiin sisältyvät kurssikirjat ovat saatavilla tiedekunnan kirjastosta. Kurssikirjat ovat luettavissa kirjastossa, ja niistä on myös lainattavia kappaleita. Elektroniikan, tietoliikenteen ja automaation kirjasto Sähkötekniikan talo G-siipi, toinen kerros, huone G 205 Otakaari 5 A 02150 Espoo puh. (09) 451 2205 http://electronics.tkk.fi/fi/kirjasto/ s-posti sahko.kirjasto@tkk.fi Aukioloajat ma-to klo 9.00 18.00 pe klo 9.00 15.30 Katso kesäajan aukiolo kirjaston www-sivuilta. Informaatikko Marjo Sievänen, SG224, puh. 451 5673 Tietopalvelusihteeri Saija Nieminen, SG225, puh. 451 5926 Toimistosihteeri Carl-Eric Westman, SG225, puh. 451 6054 Tietotekniikan talon kirjasto Automaatio- ja systeemitekniikan tutkinto-ohjelmaan sisältyvät kurssikirjat ovat saatavilla Tietotekniikan talon kirjastosta. Tietotekniikan talon kirjasto Konemiehentie 2 02150 Espoo puh. (09) 451 5758

17 2. TUTKINTOJEN TAVOITTEET JA RAKENNE Teknillinen korkeakoulu on siirtynyt 1.8.2005 kaksiportaiseen tutkintorakenteeseen. Opiskelijat suorittavat ensin alemman korkeakoulututkinnon eli tekniikan kandidaatin tutkinnon ja sen jälkeen ylemmän korkeakoulututkinnon. Ylempiä tutkintoja ovat diplomi-insinöörin, arkkitehdin tai maisema-arkkitehdin tutkinnot. Opintojen laajuutta mitataan opintopisteillä (op). Yhden vuoden opintojen suorittamiseen keskimäärin vaadittava 1600 tunnin työpanos vastaa 60 opintopistettä (op). Tekniikan kandidaatin tutkinnon laajuus on 180 opintopistettä, ja se on mahdollista suorittaa päätoimisesti opiskellen kolmessa lukuvuodessa. Diplomi-insinöörin, arkkitehdin ja maisema-arkkitehdin tutkintojen laajuus on 120 opintopistettä, ja tutkinnot voidaan suorittaa päätoimisesti opiskellen kahdessa lukuvuodessa. Perustutkintoihin johtava koulutus suunnitellaan ja järjestetään teknillis-tieteellistä asiantuntemusta edellyttäviin tehtäväalueisiin suuntautuvina tutkinto-ohjelmina. 2.1 Bioinformaatioteknologian alemman tutkinto-ohjelman tavoitteet ja rakenne 2.1.1 Alemman perustutkinnon tavoitteet Alemman perustutkinnon tavoitteet on määritelty Teknillisen korkeakoulun tutkintosäännössä (10 ). Alempaan perustutkintoon johtavan koulutuksen tulee antaa opiskelijalle: tutkinto-ohjelmaan kuuluvien opintojen perusteiden tuntemus sekä edellytykset alan kehityksen seuraamiseen valmiudet tieteelliseen ajatteluun ja tieteellisiin työskentelytapoihin tai taiteellisen työn edellyttämät tiedolliset ja taidolliset valmiudet edellytykset ylempään korkeakoulututkintoon johtavaan koulutukseen ja jatkuvaan oppimiseen valmiudet ymmärtää ja eritellä tekniikan vaikutuksia ja hyödynnettävyyttä kyky yhteistyöhön ja päämäärätietoiseen ryhmätyöskentelyyn edellytykset soveltaa hankkimaansa tietoa työelämässä tutkintoasetuksen vaatima suomen ja ruotsin kielen sekä vieraan kielen taito sekä työelämässä tarvittavat hyvät viestintätaidot. Koulutus perustuu tieteelliseen tutkimukseen tai taiteelliseen toimintaan sekä alan käytäntöihin. Bioinformaatioteknologian tutkinto-ohjelman alemman perustutkinnon yleisenä tavoitteena on antaa opiskelijalle perusteet ymmärtää biologisia järjestelmiä ja niitä teorioita ja laiteteknisiä menetelmiä, joiden hyödyntämistä tarvitaan bioinformaation keräämisessä, muokkaamisessa ja siirtämisessä. Tieteellisenä tavoitteena on antaa opiskelijalle teknillistieteellisen ajattelun sekä teknillistieteellisten lainalaisuuksien ja käytäntöjen tiedollinen ja taidollinen pohja, joka perustuu

18 vahvaan perustieteiden osaamiseen ja jonka varaan voidaan rakentaa poikkitieteellinen lähestyminen biologiseen informaationteknologiaan, ja jota alan tieteidenvälisissä työtehtävissä toimiminen vaatii. 2.1.2 Alemman perustutkinnon rakenne Jatkomoduuli A2 20 op Perusmoduuli B1 20 op Kandidaatintyö ja seminaari K 10 op Vapaasti valittavat opinnot V 10 op Perusopinnot P 75-85 op Perusmoduuli A1 20 op Ohjelman yhteiset opinnot O 15-25 op Kuva 1. Tekniikan kandidaatin tutkinto 180 op Bioinformaatioteknologian alempi perustutkinto koostuu o perusopintomoduulista (P, 75-85 op), joka on kaikille tutkinto-ohjelman opiskelijoille muutamaa sisällöllistä poikkeusta lukuunottamatta yhteinen. Perusopintojen moduulin sisältö poikkeaa niiden opiskelijoiden osalta, jotka lukevat perusaineiden laajaa oppimäärää o ohjelman yhteiset opinnot -moduulista (O, 15-25 op) P ja O-moduulien yhteenlasketun opintopistemäärän tulee olla 100 o kolmesta vaihtoehtoisesta perusmoduulista (A1, 20 op), jotka ovat Biologinen tekniikka Laskennallinen ja kognitiivinen biotiede Bioelektroniikka Biologisen tekniikan perusmoduuli on pohjana biologisen tekniikan jatkomoduulille ja biologisen kemian ja biomateriaalien jatkomoduulille. Bioelektroniikan perusmoduulista on mahdollista jatkaa biotroniikan tai biologisen tekniikan jatkomoduuliin. Laskennallisen ja kognitiivisen biotieteen perusmoduuli on pohjana samannimiselle jatkomoduulille.

19 o neljästä vaihtoehtoisesta jatkomoduulista (A2, 20 op), jotka ovat Biologinen kemia ja biomateriaalit Biologinen tekniikka Laskennallinen ja kognitiivinen biotiede Biotroniikka Nämä ovat samalla myös bioinformaatioteknologian alemman perustutkinnon pääaineiden nimikkeitä ja ne muodostavat alemman perustutkinnon pääaineen yhdessä perusmoduulin kanssa. Suositeltavat polut perusmoduuleista syventäviin moduuleihin on esitetty kaaviossa 1. o sivuaineen perusmoduulista (20 op), joka voi olla oman tai toisen tutkinto-ohjelman perusmoduuli (B1), oman tutkinto-ohjelman jatkomoduuli (B2) tai erityisesti sivuaineeksi luotu moduuli kuten perusaineiden laajan oppimäärän moduuli (B1) o vapaasti valittavien opintojen moduulista (V, 10 op) o kandidaattiseminaarin ja kandidaatin työn moduulista (K, 10 op). Pää- ja sivuaine Alemman perustutkinnon pääaine muodostuu tutkinto-ohjelmaan kuuluvasta perusmoduulista ja sen jatkomoduulista. Sivuaine muodostuu toisesta perusmoduulista tai pääaineen perusmoduuliin pohjautuvasta toisesta jatkomoduulista. Kandidaattiseminaari ja kandidaatintyö Kandidaattiseminaari ja siihen kuuluva kandidaatintyö on opintokokonaisuus, jossa käsitellään tieteellistä ajattelua, tiedonhakua, tiedon jäsentämistä ja käsittelyä sekä kielen ja viestinnän taitoja. Kandidaattiseminaaria ja kandidaatintyötä käsitellään luvussa 9. Kielitaito Opiskelijan tulee alempaan tai ylempään perustutkintoon sisältyvissä opinnoissa tai muulla tavalla osoittaa saavuttaneensa (TS 9 ): suomen ja ruotsin kielen taito, joka julkisyhteisöjen henkilöstöltä vaadittavasta kielitaidosta annetun lain (424/2003) 6 :n 1 momentin mukaan vaaditaan valtion henkilöstöltä kaksikielisessä viranomaisessa ja joka on tarpeen oman alan kannalta, sekä vähintään yhden vieraan kielen sellainen taito, joka mahdollistaa oman alan kehityksen seuraamisen ja kansainvälisessä ympäristössä toimimisen. Hyvä äidinkielen ja viestinnän taito. Äidinkielen ja viestinnän pakolliset opinnot toteutetaan kandidaattiseminaarin yhteydessä. Vanhan tutkintosäännön mukaan opiskeleville opiskelijoille viestinnän perusopintojakso on yleensä pakollinen.

20 Toisen kotimaisen kielen (ruotsi tai suomi) taito, joka lain mukaan vaaditaan valtion henkilöstöltä kaksikieliseltä viranomaiselta ja joka on tarpeen oman alan kannalta. Opiskelijan äidinkieli on se kieli, jolla hän on saanut koulusivistyksensä eli kirjoittanut ylioppilastutkinnon äidinkielen kokeen. Tämän mukaan määräytyy, onko toinen kotimainen kieli ruotsi vai suomi. Opiskelijan kirjallinen ja suullinen kielitaito toisessa kotimaisessa kielessä arvioidaan erikseen arvosanoilla ht (hyvät tiedot) tai tt (tyydyttävät tiedot). Merkinnän toisen kotimaisen kielen kokeen (ruotsi) suorittamisesta voi saada seuraavien vaihtoehtoisten suoritusten perusteella: 1. TKK:n toisen kotimaisen kielen koe (Kie-98.5001/7001 + Kie-98.5002/7002) 2. Määrätyt kielikeskuksen ruotsin kurssit 3. Ruotsinkielinen kurssi TKK:ssa (suorituksesta sovittava kielikeskuksessa) 4. Valtion kielitutkintolautakunnan jäsenen antama todistus täydennettynä Teknillisessä korkeakoulussa suoritetulla suullisella kokeella 5. Jonkin muun korkeakoulun tai yliopiston vastaava toisen kotimaisen kielen koe. Vieraan kielen kirjallinen ja suullinen taito osoitetaan suorittamalla yliopiston kielikeskuksen tätä tarkoitusta varten osoittama vieraan kielen kurssi tai kurssit. Näissä opinnoissa painotetaan koulutusalan kielen hallintaa. Mikäli yliopistossa on jossakin vieraassa kielessä käytössä kielitaidon osoittamista varten erityinen koe, vaadittu kielitaito voidaan osoittaa joko kokonaan tai osaksi suorittamalla kyseinen koe. Lista kielikeskuksen pakollisen vieraan kielen suorituksiin kelpaavista kursseista löytyy liitteestä 1 opinto-oppaan lopusta. Lisää tietoa toisen kotimaisen kielen sekä vieraan kielen suorittamisesta löydät www-osoitteesta http://kielikeskus.tkk.fi/fi/opetus/. Harjoittelu Alempaan perustutkintoon voi sisältyä tutkinto-ohjelman määräysten mukaista asiantuntijuutta kehittävää harjoittelua. Harjoittelu on suositeltavaa, koska se kehittää osaamista sekä rakentaa ammatti-identiteettiä. Harjoitteluaikana on hyvä luoda yhteyksiä työelämään. Opiskeluaikainen harjoittelu voi myös helpottaa valmistumisen jälkeistä työn löytämistä. Harjoittelusta lisää luvussa 7. 2.1.3 Perusopinnot ja perusaineiden laaja oppimäärä Teknillisen korkeakoulun tavoitteena on tuottaa riittävästi sellaisia diplomi-insinöörejä, jotka pystyvät vastaamaan tutkimuksen ja elinkeinoelämän nopeimminkin muuttuviin haasteisiin. Matematiikan ja luonnontieteiden osaaminen on perusta insinööritieteiden osaamiselle. Perusaineiden laajan oppimäärän ohjelmaan kutsutaan vuosittain 10 % uusista opiskelijoista

21 valintamenestyksen perusteella. Ohjelmaan voi lisäksi erikseen hakea. Ks. http://www.tkk.fi/fi/opinnot/perusopinnot/tutkinto-ohjelmat/laaja/index/ Laajan oppimäärän opinnot tutkinnossa Suorittamalla perusaineiden laajan oppimäärän opiskelija saa vahvan matemaattisluonnontieteellisen pohjan opinnoille. Tällöin perusaineissa, matematiikassa, fysiikassa ja tietojenkäsittelyssä opiskellaan normaalia laajemmat opintokokonaisuudet. Nämä perusaineiden laajan oppimäärän opinnot korvaavat tällöin tutkinto-ohjelman tavanomaiset perusopinnot. Lisäksi opiskelijalle muodostuu kandidaatin tutkintoon perustieteiden sivuaine. Perustieteiden sivuaine Laajan oppimäärän kokonaisuudessaan lukeneille kirjataan kandidaatin tutkintoon perustieteiden sivuaine. Suoritettuaan laajan perusaineen opiskelija voi halutessaan suorittaa B1-moduulin jatkoksi yksilöllisen, matematiikan ja systeemianalyysin laitoksen hallinnoiman B2-moduulin. Tällöin B1- ja B2-moduulit yhdessä muodostavat perustieteiden sivuaineen myös ylemmässä tutkinnossa. Opintorekisteri Perusaineiden laaja oppimäärä -ohjelman suoritusoikeus näkyy opiskelijan Oodi-rekisteritiedoissa. Jos laajan suoritusoikeuden saanut opiskelija ei halua suorittaa opintoja laajan oppimäärän mukaisesti, on hänen ilmoitettava siitä joko oman tutkinto-ohjelman opintoasioista vastaavalle tai Katriina Korhoselle, puh. 451 5498, e-mail: suunnittelija@math.hut.fi. Ilmoituksen perusteella laajan suoritusoikeus Oodissa päätetään ja ko. oikeuden näkyminen mm. Oodi-otteessa häviää. Merkintä tutkintotodistukseen Laajan perusaineen suorittamisesta opiskelija saa erillisen maininnan sekä kandidaatin että diplomi-insinöörin todistukseensa.

22 Perustieteiden laajan oppimäärän opinnot S953-P Perusopinnot laajalla oppimäärällä 80 op Koodi Kurssi Laajuus op Mat-1.1010 Matematiikan peruskurssi L1 10 Mat-1.1020 Matematiikan peruskurssi L2 10 Mat-1.1030 Matematiikan peruskurssi L3 10 Mat-1.2600 Sovellettu todennäköisyyslaskenta A 5 Mat-2.2107 Sovelletun matematiikan tietokonetyöt 3 Tfy-0.1011 Fysiikka IA 4 Tfy-0.1012 Fysiikka IB 4 Tfy-0.1023 Fysiikka IIA 5 Tfy-0.1024 Fysiikka IIB 5 Tfy-3.1520 Fysiikan laajat laboratoriotyöt I 3 Tfy-3.1550 Fysiikan laboratoriotyöt II 2 KE-4.1100 Orgaaninen kemia I 4 KE-100.2300 Polymeeriteknologia I 3 T-106.1111 Johdatus opiskeluun ja tietojärjestelmiin TKK:lla 2 T-106.1203/1208 Ohjelmoinnin perusteet L /Y 5 Kie-98.5001/7001 Toisen kotimaisen kielen kokeen kirjallinen osio 1 Kie-98.5002/7002 Toisen kotimaisen kielen kokeen suullinen osio 1 Kie-98.xxxx Vieraita kieliä 3 Yhteensä 80 op Kurssi S-66.2120 Elektroniikan peruskurssi 5 op siirretään perusopintomoduulista (S953-P) Biologisen tekniikan perusmoduuliin (F305-1), josta vastaavasti poistetaan kurssi S-114.1327 Fysiikka III 6 op. Laskennallisen ja kognitiivisen biotieteen pääaineen lukijoille suositellaan suoritettavaksi vapaavalintaisena myös S-66.2120 Elektroniikan peruskurssi 5 op. S953-1 Perustieteiden perusmoduuli 20 op Koodi Kurssi Laajuus op Valitse matematiikasta 10 opintopistettä ja sen lisäksi fysiikan kokonaisuus 10 opintopistettä tai ohjelmoinnin kokonaisuus 12 opintopistettä ** Mat-1.1040 Matematiikan peruskurssi L4 10 Mat-1.2991 Diskreetin matematiikan perusteet 5 * Mat-1.3601 Johdatus stokastiikkaan 5 * Mat-2.3111 Stokastiset prosessit L 5 FYSIIKAN KOKONAISUUS Tfy-0.2011 Fysiikka IIIA 5 Tfy-0.2012 Fysiikka IIIB 5 OHJELMOINNIN KOKONAISUUS T-106.1243 Ohjelmoinnin jatkokurssi L1 6 AS-0.1103 C-ohjelmoinnin peruskurssi 6 Yhteensä 20 op * valitse joko Mat-1.3601 tai Mat-2.3111 ** valitessasi ohjelmoinnin kokonaisuuden, vapaasti valittavien opintojen moduuliin (V) riittää 8 opintopistettä

23 2.2 Bioinformaatioteknologian ylemmän tutkinto-ohjelman tavoitteet ja rakenne 2.2.1 Ylemmän perustutkinnon tavoitteet Ylemmän perustutkinnon tavoitteet on määritelty Teknillisen korkeakoulun tutkintosäännössä (21 ). Ylempään perustutkintoon johtavan koulutuksen tulee antaa opiskelijalle: tutkinto-ohjelmaan kuuluvan pääaineen hyvä tuntemus valmiudet tieteellisen tiedon ja tieteellisten menetelmien soveltamiseen tai edellytykset itsenäiseen ja vaativaan taiteelliseen työhön sekä valmiudet jatkuvaan ja joustavaan oppimiseen valmiudet ymmärtää oman alansa ongelmat käyttäjien, teknisten ja yhteiskunnallisten järjestelmien sekä ympäristön näkökulmasta valmiudet toimia työelämässä oman alansa asiantuntijana ja kehittäjänä riittävä kielitaito toimia alan kansallisissa ja kansainvälisissä tehtävissä sekä valmiudet tieteelliseen tai taiteelliseen jatkokoulutukseen. Koulutus perustuu tieteelliseen tutkimukseen tai taiteelliseen toimintaan sekä alan käytäntöihin. Bioinformaatioteknologian ylemmän perustutkinnon yleisenä tavoitteena on kouluttaa insinööritieteiden ja taidon osaajia sellaisille tieteiden leikkausalueille, jotka muodostuvat sulautettaessa perinteisiä teknillistieteellisiä aloja kuten sähkö-, informaatio- ja automaatiotekniikka sekä fysiikka ja kemia osaksi biologiaa ja lääketiedettä. Koulutuksen ammatillisena tavoitteena on antaa opiskelijalle tiedot ja taidot työskennellä niin julkisella kuin yksityisellä sektorilla sekä suuntautua monipuolisesti perinteisiin teknillistieteellisiin ja bioinsinööritieteellisiin tehtäviin ja toimia tutkimus-, koulutus-, tuotekehitys-, tuotanto-, suunnittelu-, ja konsultointitehtävissä. Ylemmän perustutkinnon tieteellisenä tavoitteena on antaa opiskelijalle vahvaan perustieteiden osaamiseen pohjaava bioinsinööritieteiden tuntemus sekä jonkin alan syvällinen teoreettinen ja metodinen tuntemus samoin kuin valmius hankkia itsenäisesti tieteellistä tietoa. Lisäksi tieteellisenä tavoitteena on antaa valmius teollisuuden tutkimustehtäviin, julkisen sektorin asiantuntijatehtäviin ja akateemiseen uraan tähtääviin jatko-opintoihin.

24 2.2.2 Ylemmän perustutkinnon rakenne Vapaasti valittavat opinnot W 20 op Tieteen metodiikka M 10 op Diplomityö D 30 op Syventävä moduuli A3 20 op Jatkomoduuli B2 20 op Erikoismoduuli C 20 op Kuva 2. Diplomi-insinöörin tutkinto 120 op A-merkityt moduulit ovat oman tutkinto-ohjelman moduuleja. B-merkityt moduulit voivat olla mitä tahansa HOPSissa omaan tutkintoon hyväksytettyjä moduuleja. Ylemmän perustutkinnon opinnot koostuvat: tieteen metodiikan opinnoista (M, 10 op) vapaasti valittavista opinnoista (W, 20 op) diplomityöstä (D, 30 op) kolmesta moduulista, joista vähintään yhden tulee olla oman tutkinto-ohjelman pääaineen syventävä moduuli ja joista korkeintaan yksi voi olla perusmoduuli (20 + 20 + 20 op). Nämä kolme moduulia voivat olla esim. sivuaineen moduuli (20 op), pääainetta tukeva erikoismoduuli (C, 20 op) ja pääaineen syventävä moduuli. Tieteen metodiikan opintojen moduuli (M, 10 op) sisältää tutkinto-ohjelmaan soveltuvia tieteellisiä menetelmäopintoja, esimerkiksi matemaattis-tilastollisia menetelmiä, sekä pääaineen tieteellisiin käytäntöihin liittyviä menetelmiä. Pääaineet Bioinformaatioteknologian ylempi perustutkinto sisältää seuraavat pääaineet: Biologinen kemia ja biomateriaalit Biologinen tekniikka Laskennallinen ja kognitiivinen biotiede Bioautomatiikka Biotroniikka jotka edelleen sisältävät vaihtelevan määrän syventäviä moduuleja (A3, 20 op). Ks. kaavio 1.

25 Pää- ja sivuaineen muodostuminen Opiskelijan pääaine muodostuu tavallisesti kolmesta tutkinto-ohjelmaan kuuluvasta moduulista: perusmoduulista ja sen jatkomoduulista sekä mainitun jatkomoduulin yhdestä syventävästä moduulista. Perus- ja jatkomoduulit voivat olla suoritettu joko alemman tai ylemmän perustutkinnon yhteydessä. Vaikka opiskelija suorittaisi useamman samaan jatkomoduuliin perustuvan syventävän moduulin, hänen tutkintoonsa sisältyy ainoastaan yksi pääaine. Ylemmän perustutkinnon pääaine pohjautuu sisällöltään tarkoituksenmukaisesti suunnattuihin aineopintoihin. Pääaineen sisältämän syventävän moduulin pohjautumista tarkoituksenmukaisiin jatko- ja perusmoduuleihin on esitetty kaaviossa 1. Tutkinnon perusrakenne on esitetty kaaviossa 2. Sivuaine voi muodostua perusmoduulista ja sen jatkomoduulista tai jatkomoduulista ja sen syventävästä moduulista. Opiskelijan pää- ja sivuaineeseen ei voi kuulua samoja moduuleja. Tutkintosäännön 24 :ssä on määritelty tarkemmin, miten pää- ja sivuaine muodostuvat moduuleista. Opiskelijan ainevalinnat vahvistetaan henkilökohtaisessa opintosuunnitelmassa. Yhteinen jatkomoduuli pää- ja sivuaineissa Jos sekä pää- että sivuaineiden syventävät moduulit pohjautuvat samaan jatkomoduuliin, muodostuu pääaine perusmoduulista, syventävästä moduulista ja erikoismoduulista tai muusta syventävästä moduulista, joka luetaan pääaineen syventävän moduulin lisäksi. Sivuaine muodostuu tällöin jatkomoduulista ja syventävästä moduulista. Kaavio 3 kuvaa tätä tilannetta. Tällainen tilanne esiintyy esimerkiksi seuraavassa tapauksessa: Opiskelija on suorittanut biologisen tekniikan perusmoduulin, biologisen tekniikan jatkomoduulin ja kaksi syventävää moduulia, jotka pohjautuvat biologisen tekniikan jatko-moduuliin. Pääaine muodostuu tällöin biologisen tekniikan perusmoduulista + ensimmäisestä syventävästä moduulista + opiskelijan lisäksi lukemasta erikoismoduulista tai kolmannesta syventävästä moduulista. Sivuaine muodostuu nyt biologisen tekniikan jatkomoduulista ja toisesta syventävästä moduulista, mikäli em. jatkomoduuli vahvistetaan opiskelijan henkilökohtaisessa opintosuunnitelmassa kuuluvaksi sivuaineeseen. Erikoismoduuli Erikoismoduuli (20 op) voi olla tiedekunnan suunnittelema moduuli tai opiskelijan henkilökohtaisista opinnoista koostuva moduuli, jonka sisällön tiedekunta hyväksyy.

26 Tieteen metodiikan opinnot Ylempään perustutkintoon kuuluvat tieteen metodiikan opinnot (10 op) koostuvat tieteellisistä menetelmäopinnoista. Tieteen metodiikan moduulin (M-moduuli) tavoitteena on tukea opiskelijan diplomityön tekemistä. Osassa pääaineista ja syventävistä moduuleista on esitetty pakollisia vaatimuksia M-moduuliin sisällytettävistä opinnoista (maksimissaan 5 op). Samoin osassa pääaineista ja syventävistä moduuleista esitetään suosituksia M-moduuliin soveltuvista kursseista (maksimissaan 5 op). Suositellut ja pakolliset M-moduulin kurssit löytyvät listattuna luvusta 3.26. Moduuliin kuuluu myös kaikille tutkinto-ohjelmille yhteinen tieteen filosofiaa, tieteen tekemistä, tieteen etiikkaa ja insinöörietiikkaa käsittelevä osa. Opiskelijan tulee valita vähintään kolme opintopistettä tältä TKK:n yhteiseltä kurssilistalta, joka on esitetty luvussa 3.26. Diplomityö Opiskelija sopii diplomityön aiheesta sellaisen opettajan (professorin) kanssa, jonka alaan aihe kuuluu. Diplomityö tehdään useimmiten pääaineesta, mutta sen voi tehdä myös sivuaineesta. Diplomityöstä lisää luvussa 10. Laajan oppimäärän opinnot, perustieteiden sivuaine Suoritettuaan laajan perusaineen opiskelija voi halutessaan suorittaa B1-moduulin jatkoksi yksilöllisen, matematiikan ja systeemianalyysin laitoksen hallinnoiman B2-moduulin. Tällöin B1- ja B2-moduulit yhdessä muodostavat perustieteiden sivuaineen ylemmässä tutkinnossa. Lisätietoa perusaineiden laajan oppimäärän opinnoista: http://www.tkk.fi/fi/opinnot/perusopinnot/tutkinto-ohjelmat/laaja/index/ Kielitaidon osoittaminen (Tutkintosäännön 9 :n kielitaitovaatimukset, ks. alempi perustutkinto 2.1.2.) Suomen tai ruotsin kielen erinomainen suullinen ja kirjallinen kielitaito, joka on tarpeen oman alan kannalta, osoitetaan kirjoittamalla diplomityöhön liittyvä kypsyysnäyte sillä kotimaisella kielellä, jolla opiskelija on saanut koulusivistyksensä. Mikäli opiskelija on osoittanut kielitaitonsa jo tekniikan kandidaatin tutkintoa tai muuta alempaa korkeakoulututkintoa varten antamassaan kypsyysnäytteessä, hänen ei tarvitse osoittaa sitä enää ylempää perustutkintoa varten annettavassa kypsyysnäytteessä. Toisen kotimaisen kielen tyydyttävä suullinen ja kirjallinen kielitaito, joka on tarpeen oman alan kannalta, voidaan osoittaa suorittamalla yliopiston toisen kotimaisen kielen koe, määrätty toisen kotimaisen kielen kurssi tai toisen korkeakoulun vastaava toisen kotimaisen kielen koe.