Suomenajokoirien BLUP-indeksit. MMT Anna-Elisa Liinamo Kotieläintieteen laitos, Helsingin yliopisto

Transkriptio

1 Suomenajokoirien BLUP-indeksit MMT Anna-Elisa Liinamo Kotieläintieteen laitos, Helsingin yliopisto

2 Asiaa Osa 1: Indeksilaskennan yleiset perusteet Mikä on indeksi ja mikä on BLUP Miksi niitä lasketaan Miten niitä lasketaan Miten niitä käytetään Osa 2: Suomenajokoirien BLUP-indeksit

3 Osa 1. Mitä (BLUP-)indeksit ovat? Näetkö, tuolla sialla on tosi kovat geenit! Aika karju! BLUP

4 Indeksi Kielitoimiston sanakirja: (Tilastollista) muutosta ilmaiseva suhdeluku Indeksejä on monenlaisia: Kuluttajahintaindeksi Dow Jones indeksi UV-indeksi Jalostusindeksi

5 Jalostusindeksi Lukuarvo, jonka on tarkoitus kuvata eläimen arvoa jalostukseen Ei mitään yleistä laskentamenetelmää Koirilla käytetty monenlaisia laskentakaavoja Yksinkertaisimmillaan esim. koiran jälkeläisten koetulosten keskiarvo Suomenpystykorvien epi-luku epi o * 1+ epiv *0,5+ epiiv *0,25+ epiiiv *0,125+ epiiiiv *0,0625

6 BLUP-indeksi Best Linear Unbiased Prediction = Nasevin Arvio Sonnin Todellisesta Arvosta Tilastollinen laskentamalli eläinten (ei vain sonnien!) jalostusarvolle, joka korjaa tuloksiin vaikuttavia ympäristötekijöitä hyödyntää eläimen kaikkien sukulaisten tulokset systemaattisesti BLUP on paras saatavilla oleva menetelmä eläinten jalostusarvojen arviointiin

7 Miksi indeksejä lasketaan? Ostaisitko tästä hyvän sian säkissä? (Tästä eteenpäin indeksi = BLUP!)

8 Miksi indeksit? Koira periyttää vain geeninsä jälkeläisilleen, ei omaa ilmiasuaan Jos ympäristö vaikuttaa ominaisuuteen, koiran ilmiasu koiran geneettinen taso BLUP-indeksi on ennuste koiran geneettisestä tasosta = jalostusarvosta

9 Mille ominaisuuksille? Ominaisuuteen vaikuttaa monta geeniä = kvantitatiivinen/ polygeeninen Vaikea kehittää geenitestiä Ympäristön muokkaava vaikutus suuri Oma ilmiasu ei kerro geneettisestä tasosta Käytännössä: Aineistoa kerätään rutiininomaisesti Aineiston perusteella löytyy riittävästi perinnöllisiä eroja koirien välillä

10 Toistaiseksi Suomessa Suomenajokoirien ajokoetulokset Lonkka- ja kyynärdysplasia eri roduilla Tulossa lähiaikoina: Hirvikoirien hirvikoetulokset; suomenajokoirien näyttelytulokset, säkäkorkeus ja luonne Mahdollisesti: Luonnetesti, kanakoirien koetulokset, noutajien metsästyskoetulokset, suomenpystykorvien epilepsia Muita???

11 Mitä hyötyä? Koiran perinnöllinen taso paremmin esiin: Ympäristön vaikutus korjataan Parituskumppanin taso korjataan Jalostusvalinnan vaikutus korjataan Jalostusvalinta koiran perinnöllisen tason perusteella = luotettavampaa Nuoret koirat!

12 Miten indeksejä lasketaan?

13 Mitä tarvitaan? Tietoa Sukulaisuudet Kiinnostavat ominaisuudet Taitoa Tutkija alkuvaiheen kehitystyöhön Tilastollisia ohjelmia Tietokone

14 Miten lasketaan? Ensimmäinen vaihe Mitkä (ympäristö)tekijät vaikuttavat ominaisuuteen? Toinen vaihe Kuinka paljon ominaisuudessa on perinnöllistä vaihtelua? Kolmas vaihe Edellisten perusteella indeksilaskentamallin kehittäminen ja päivitysrutiinin luonti

15 Laskentakaava eli sekamalliyhtälöryhmä = + y Z y X a b A Z Z X Z Z X X X ' ' ' ' ' ' 1 α a = eläinten jalostusarvot sisältävä vektori b = ominaisuuteen vaikuttavat ympäristötekijät sis. vektori y = fenotyyppiset havainnot ominaisuudesta sis. vektori X, Z = kerroinmatriiseja, jotka yhdistävät fenotyyppiset havainnot oikeisiin ympäristötekijöihin ja jalostusarvoihin A -1 = eläinten väliset sukulaisuussuhteet sis. matriisi α = kuinka suuri osa eläinten välisistä eroista on perinnöllisiä

16 Indeksin tietolähteet Emän sukulaisten tulokset Isän sukulaisten tulokset Emän tulokset Isän tulokset Puolisisarusten tulokset Täyssisarusten tulokset Omat tulokset Puolisisarusten tulokset Jälkeläisten tulokset Omien jälkeläisten tulokset Parituskumppanin tulokset Jälkeläisten tulokset

17 Ympäristövaikutukset Tuloksista korjataan ei-perinnöllisten, mutta tuloksiin vaikuttavien tekijöiden vaikutus: Lonkat: sukupuoli, syntymävuosi, kuvausikä, kasvattaja, pentue, kuvaava eläinlääkäri, arvostelija Koetulokset: sukupuoli, keli, ikä, koekuukausi, koevuosi, koepaikka, tuomari Vaikuttavat tekijät riippuvat ominaisuudesta, rodusta, populaatiosta jne. = valitaan sopivimmat laskentaan Ehto: oltava tallennettua tietoa! Esim. ei löydy toistaiseksi tarkkaa paikkatietoa, useita olosuhdetietoja, kasvuaikaista ruokintaa jne.

18 Indeksien standardointi Kunkin rodun keskiarvo on 100 Indeksit eivät vertailukelpoisia eri rotujen välillä! Mitä suurempi indeksi, sitä korkeampi jalostusarvo = koiran geneettinen taso 70% koirista välillä Alle 80 ja yli 120 enää noin 5% koirista

19 Miten indeksejä käytetään? Luulet vain Löysin sen, täydellisen jalostuselikon!

20 Perussääntö Nartun ja uroksen indeksien keskiarvo yli 100 = tulevan pentueen odotusarvo = tuleva pentue rodun keskiarvoa parempi huom. geneettinen taso, ei välttämättä ilmiasu! Esimerkiksi: Narttu 105 uros > 96 (mieluiten >> 100!) Narttu 80 uros > 121 (mieluiten toinen narttu!)

21 Indeksin saavat koirat Laskennassa: Kaikki koirat, joilla oma tulos Kennelliiton/rotujärjestön tietokannassa Lisäksi näiden koirien kaikki sukulaiset suoraan ylenevässä polvessa Julkaistut indeksit: Rotuyhdistys saa päättää mitkä lasketuista indekseistä myös julkaistaan - Yleensä kaikki - Mahdollista myös rajoittaa esim. arvosteluvarmuuden suhteen

22 Mitä tarkoittaa 100? Koira on oikeasti rodun keskiarvoa Keskiarvo voi vastata erilaista ilmiasua eri roduissa! Esim. lonkissa collie 100~A, bernhard 100~D Tai: koirasta ei löydy (vielä) paljon tietoja Lähtöoletus: koira on keskitasoa Indeksin turvamekanismi sallii suuret poikkeamat vasta kun koirasta riittävästi tietoa

23 Parituskumppani Indeksilaskenta ottaa huomioon myös parituskumppanin tason Huono narttu ei heikonna hyvän uroksen indeksiä ja päinvastoin Toisaalta huonon nartun indeksiä ei voi nostaa keinotekoisesti huippu-uroksella ja päinvastoin!

24 Vertailukelpoisuus Indeksit ovat täysin vertailukelpoisia saman rodun sisällä Voi verrata suoraan eri sukupuolia, eri ikäisinä kuvattuja/kilpailleita koiria, eri sukupolviin kuuluvia koiria jne. Indeksejä ei voi vertailla eri rotujen välillä Laskenta aina rodun sisällä roduilla eri keskiarvot, korjaavat tekijät jne.

25 Arvostelun luotettavuus BLUP-indeksi on aina luotettavin mahdollinen ennuste koiran jalostusarvosta Vähintään yhtä hyvä kuin oma ilmiasu Sukulaistietojen käyttö, ympäristökorjaukset jne. yleensä paljon luotettavampi Silti arvosteluvarmuus ei indekseilläkään ole (yleensä) 100% Riippuu ominaisuuden periytyvyydestä Riippuu käytettävissä olevien tietojen määrästä Arvosteluvarmuus vaihtelee välillä 0-1 (eli 0 100%) 0 = ei mitään tietoa koiran jalostusarvosta 1 = täydellisen luotettava tieto koiran jalostusarvosta

26 Arvosteluvarmuus ilmiasun perusteella (BLUPilla siis korkeampia kuin nämä) Tulokset h 2 = 0,10 h 2 = 0,25 h 2 = 0,50 isä tai emä 0,16 0,25 0,35 isä+emä 0,23 0,35 0,50 1 oma+1 jälk. 0,35 0,53 0,73 1 oma+i+e 0,38 0,57 0,76 1 oma+5 jälk. 0,44 0,63 0,79 1 oma+40 jälk. 0,73 0,87 0,93 metsästyskoetulokset näyttelytulokset lonkat

27 Pimitetyt tiedot Indeksin luotettavuus perustuu täysin aineiston luotettavuuteen Mukana oltava tuloksia mahdollisimman kattavasti koko populaatiosta Mukana oltava sekä hyvät että huonot tulokset! Mukana oltava mahdollisimman systemaattisesti tietoa myös tärkeimmistä vaikuttavista ei-perinnöllisistä tekijöistä Sukupuun kautta lisätietoa vähentää pimityksen tehoa Tuloksen puuttuminenkin voi olla tulos!

28 Lisää tietoa: Koiramme 1/2006 (peruslehti) s Katariina Mäki: Indeksien käyttö koiranjalostuksen apuna laajenee Kotieläinjalostus - Gummerus Kirjapaino Oy/SKJO, Esa Mäntysaari: Jalostusarvojen ennustaminen (kappale 5. s )

29 Osa 1: Kysymyksiä?? Anteeksi, saanko poistua luokasta? Aivoni ovat jo ihan täynnä.

30 Osa 2. Suomenajokoirien BLUP-indeksit Mille ominaisuuksille Mitä korjataan Mikä on perinnöllisyys Mikä on arvosteluvarmuus Ongelmat ja tulevaisuuden tuotekehitys

31 Metsästysominaisuudet Hakupisteet Ajopisteet ja ajotaito Haukkupisteet Hakulöysyys ja herättely: on/ei (Ajolöysyys??) Metsästysinto Kokeisiintulo Kokeisiintuloikä

32 Muut ominaisuudet Näyttelyn laatuarvostelu Säkäkorkeus Luonnearvostelu (Lonkat) Laskenta kuten ennen, Katariina Mäen kehittämällä indeksillä

33 Mitä korjataan? Metsästysominaisuudet yksittäisistä kokeista: Sukupuoli Koekausi ja koekuukausi Keli (paljas/lumi) Ikä (vuosina) Olosuhteet: paras vaihtoehto vielä työn alla - Ennen: Alue (Suomi 5 luokassa) - Nyt: Kennelpiiri tai paikkakunta tai kokeen järjestysnumero tai kokeen palkitsemisprosentti - Maasto - Muut olosuhteet: lämpötila, lumen paksuus jne.??

34 Mitä korjataan? Metsästysominaisuudet kausiyhteenvetoina: Sukupuoli Syntymäkuukausi Syntymävuosi

35 Mitä korjataan? Muut ominaisuudet: Sukupuoli Kilpailuluokka (juniori, nuoret, avo/valio, käyttö, veteraani) Tuomari

36 Ominaisuuksien periytyvyydet (1) Ominaisuus Hakupisteet Ajopisteet Ajotaito Haukkupisteet Metsästysintopisteet Hakulöysyys ja herättely Kokeisiintulo Kokeisiintuloikä Periytymisaste % Toistuvuus %

37 Ominaisuuksien periytyvyydet(2) Ominaisuus Periytymisaste % Toistuvuus % Laatuarvostelu Säkäkorkeus Luonne 13 58

38 Arvosteluvarmuus Jokaisen koiran jokaiselle erilliselle indeksille julkaistaan myös sen arvosteluvarmuus Eli kuinka luotettavasti indeksi kuvaa koiran jalostusarvoa Riippuu ominaisuuden periytymisasteesta eli jalostusarvon arvioinnin helppoudesta sekä koirasta löytyvän tiedon määrästä - Omat tulokset: useampi tulos parantaa arvostelua jonkin verran - Sukulaisten tulokset: erityisen tärkeä alhaisen periytymisasteen ominaisuuksissa Vaihtelee välillä 0-1 eli % 100 % = tiedämme täysin varmasti koiran jalostusarvon indeksin perusteella 0 % = indeksi on täysi arvaus koiran jalostusarvosta - Lähinnä (vanhat) koirat joilla ei omia tuloksia ja hyvin vähän sukulaisten tuloksia

39 Esimerkki indekseistä: näyttelyn laatuarvostelu Nimi Indeksi Arvosteluvarmuus Omia tuloksia Jälk. tuloksia Hallakorven Jili 148 0, Ampujantien Sani 140 0, Hallakorven Taru 140 0, Ajoilon Nitti 139 0, Lola 138 0, Hallakorven Remu 138 0, Hallakorven Raiku 138 0,71 4 -

40 Aikataulu Nyt työn alla: indeksilaskennan viimeistely (metsästys ja näyttely ) Mallitus: olosuhteet Laskettujen indeksien tarkistukset Laskentarutiinien hiominen käytäntöön Tulevaisuus: Metsästys- ja näyttely indeksit syksyn aikana rutiinilaskentaan SAJ:lle kevään 2006 tulokset sis. indeksit käytössä jalostusneuvontaan Jatkossa indeksien päivitys 2-3 krt/vuosi (vuodenvaihteessa, kauden päätteessä, mahd. syksyllä erit. näyttelytuloksille) Lonkkaindeksin päivitys jossain vaiheessa: arvosteluvarmuus Tarpeen mukaan laskentarutiinin seuranta ja päivitys Uusien sääntöjen aineisto: luotettavampi kun kertyy lisää Erityisesti intoindeksit tulevat tarkentumaan tulevaisuudessa!

41 Osa 2: Kysymyksiä?? Tää luento on nys si loppu! Hyvä.. En kyllä olis jaksanu enää yhtään enempää..!