Laskennallisen fysiikan esimerkkejä avoimesta tutkimuksesta Esa Räsänen Fysiikan laitos, Tampereen teknillinen yliopisto Julian Voss, Quantum man, 2006 (City of Moses Lake, Washington, USA)
Kolme näkökulmaa (1) Tieteellisten tulosten julkaiseminen perinteiset tiedelehdet maksulliset open-access lehdet rinnakkaistallennus (2) Koodien julkaiseminen (3) Numeerisen datan julkaiseminen
Tieteellisten tulosten julkaiseminen "Perinteiset" tiedelehdet Lähtökohta: Julkaisujen tulee olla mahdollisimman laajasti saatavilla ja ilmaiseksi.
Tieteellisten tulosten julkaiseminen "Perinteiset" tiedelehdet Lähtökohta: Julkaisujen tulee olla mahdollisimman laajasti saatavilla ja ilmaiseksi. Käytännön periaate: Oman alan kollegoja kiinnostavat tulokset julkaistaan pääosin alakohtaisissa tiedelehdissä, joihin on käytännössä kaikilla instituutioilla pääsy (ainakin toistaiseksi). Saavutettavuus ja tieteellinen vaikuttavuus korreloivat fysiikan alan lehdissä hyvin.
Tieteellisten tulosten julkaiseminen "Perinteiset" tiedelehdet Lähtökohta: Julkaisujen tulee olla mahdollisimman laajasti saatavilla ja ilmaiseksi. Käytännön periaate: Oman alan kollegoja kiinnostavat tulokset julkaistaan pääosin alakohtaisissa tiedelehdissä, joihin on käytännössä kaikilla instituutioilla pääsy (ainakin toistaiseksi). Saavutettavuus ja tieteellinen vaikuttavuus korreloivat fysiikan alan lehdissä hyvin. Isoin julkaisija on APS (American Physical Society), jonka lehdet ovat sekä laadukkaita että edullisia (non-profit organization).
Tieteellisten tulosten julkaiseminen "Perinteiset" tiedelehdet Lähtökohta: Julkaisujen tulee olla mahdollisimman laajasti saatavilla ja ilmaiseksi. Käytännön periaate: Oman alan kollegoja kiinnostavat tulokset julkaistaan pääosin alakohtaisissa tiedelehdissä, joihin on käytännössä kaikilla instituutioilla pääsy (ainakin toistaiseksi). Saavutettavuus ja tieteellinen vaikuttavuus korreloivat fysiikan alan lehdissä hyvin. Isoin julkaisija on APS (American Physical Society), jonka lehdet ovat sekä laadukkaita että edullisia (non-profit organization). Suurta yleisöä kiinnostavat tulokset pyritään julkaisemaan poikkitieteellisissä huippulehdissä (Nature, Science) tai laadukkaissa open-access -lehdissä (esim. Plos One).
Tieteellisten tulosten julkaiseminen Open-access -lehdet Fysiikan alan menestyjä: New Journal of Physics v. 1998 alkaen Myös Scientific Reports (Nature Publ. Group) vahvassa nousussa
Tieteellisten tulosten julkaiseminen Rinnakkaistallennus Suomalaisten yliopistojen järjestelmät yleisesti vähemmällä huomiolla; tärkein kanava on arxiv.org ylläpitäjänä Cornellin yliopiston kirjasto rahoittajina Cornell + National Science Foundation (NSF)
Tieteellisten tulosten julkaiseminen Rinnakkaistallennus Suomalaisten yliopistojen järjestelmät yleisesti vähemmällä huomiolla; tärkein kanava on arxiv.org ylläpitäjänä Cornellin yliopiston kirjasto rahoittajina Cornell + National Science Foundation (NSF) monella fysiikan (ja matematiikan) alalla käytännössä kaikki paperit lähetetään arxiviin, yleensä preprint-vaiheessa > 1000 000 artikkelia; joka kuukausi > 8000 uutta
Tieteellisten tulosten julkaiseminen Rinnakkaistallennus Suomalaisten yliopistojen järjestelmät yleisesti vähemmällä huomiolla; tärkein kanava on arxiv.org ylläpitäjänä Cornellin yliopiston kirjasto rahoittajina Cornell + National Science Foundation (NSF) monella fysiikan (ja matematiikan) alalla käytännössä kaikki paperit lähetetään arxiviin, yleensä preprint-vaiheessa > 1000 000 artikkelia; joka kuukausi > 8000 uutta papereita ei yleensä vielä vertaisarvioitu lehdissä; moderaattorit siivoavat "epätieteellisimmät" paperit pois arxiv-versiota voi päivittää ja viimeiseen versioon lisätään linkki lehdessä julkaistuun versioon
Tieteellisten tulosten julkaiseminen Rinnakkaistallennus Suomalaisten yliopistojen järjestelmät yleisesti vähemmällä huomiolla; tärkein kanava on arxiv.org ylläpitäjänä Cornellin yliopiston kirjasto rahoittajina Cornell + National Science Foundation (NSF) monella fysiikan (ja matematiikan) alalla käytännössä kaikki paperit lähetetään arxiviin, yleensä preprint-vaiheessa > 1000 000 artikkelia; joka kuukausi > 8000 uutta papereita ei yleensä vielä vertaisarvioitu lehdissä; moderaattorit siivoavat "epätieteellisimmät" paperit pois arxiv-versiota voi päivittää ja viimeiseen versioon lisätään linkki lehdessä julkaistuun versioon kahdenlaista hyötyä tutkijalle: (1) täysin avoin näkyvyys ja (2) kilpailutilanteessa todiste siitä, koska tutkimus on tehty jotkut lehdet eivät salli arxiv-versiota ennen julkaisua (esim. Nature & Science)
Koodien julkaiseminen Kolme julkaisutapaa: kaupallinen lisenssi (harvinaisin) akateeminen lisenssi (melko yleinen) avoimen lähdekoodin lisenssi (yleinen, GPL suosituin muoto)
Koodien julkaiseminen Kolme julkaisutapaa: kaupallinen lisenssi (harvinaisin) akateeminen lisenssi (melko yleinen) avoimen lähdekoodin lisenssi (yleinen, GPL suosituin muoto) "GPL (General Public License) on vapaiden ohjelmistojen julkaisemiseen tarkoitettu lisenssi, joka antaa kenelle tahansa oikeuden käyttää, kopioida, muuttaa ja jakaa edelleen ohjelmia ja niiden lähdekoodia. Vapauksien on säilyttävä myös GPL-koodiin pohjautuvissa muunnelluissa teoksissa. Mikäli GPL-ohjelmaa levitetään edelleen, lähdekoodi on julkaistava samalla lisenssillä eikä ohjelman käytölle tai levitykselle saa asettaa lisärajoituksia." (Wikipedia) Richard Stallman
Avoimen lähdekoodin esimerkkejä
Laskennallisen fysiikan esimerkki: OCTOPUS "Octopus is a free program, so you have the right to use, change, distribute, and to publish papers with it without citing anyone (for as long as you follow the GPL license). However, the developers of Octopus are also scientists that need citations. Therefore, we would be very happy if you could cite one or more papers concerning Octopus in your work." http://www.tddft.org/programs/octopus/wiki/index.php/main_page https://en.wikipedia.org/wiki/list_of_quantum_chemistry_and_solid-state_physics_software
Koodien julkaisualustoja: github & Bitbucket Esimerkkejä tutkimusryhmämme koodeista: https://bitbucket.org/luukko/itp2d https://bitbucket.org/solanpaa/bill2d/ https://bitbucket.org/luukko/libeemd
Numeerisen datan julkaiseminen Ei erityisen yleistä laskennallisen fysiikan alalla käytännön syistä (dataa valtavasti). Tutkijayhteisön sisällä dataa sen sijaan usein jaetaan esim. DropBoxilla. Datan sijaan on yleistä julkaista tarkat parametrit, joilla tulokset on saatu tietyllä, yleensä vapaasti saatavalla ohjelmistolla.
Numeerisen datan julkaiseminen Ei erityisen yleistä laskennallisen fysiikan alalla käytännön syistä (dataa valtavasti). Tutkijayhteisön sisällä dataa sen sijaan usein jaetaan esim. DropBoxilla. Datan sijaan on yleistä julkaista tarkat parametrit, joilla tulokset on saatu tietyllä, yleensä vapaasti saatavalla ohjelmistolla. Omassa tutkimuksessa yksi esimerkki, jossa myös numeerinen data julkaistu sellaisenaan: http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0127902