Selkämeren saaristossa eivät näy vain luonnon omat muovaustaidot myös ihmisen kädenjälki on vahvasti läsnä maalla ja merellä. Saarista löytyy arvokkaita perinnebiotooppeja ja kulttuurimaisemaa, merenpohjasta lukuisia hylkyjä. Osa kulttuuriperinteestä on sellaista vieläkin harjoitettua toimintaa, joka on ollut sopusoinnussa luonnon arvojen kanssa jo vuosisatoja. Merkittävä osa kulttuuriperinteestä on saariston kertomukset, jotka usein kuvaavat ihmisen ja luonnon suhdetta. Seuraavassa on kuvattu kulttuuriperintökohteita, joissa on nähtävillä ihmisen toiminta saaristoluonnossa. Perinnebiotooppeja ja kulttuurimaisemaa Perinnebiotoopeilla tarkoitetaan perinteisen luonnonkäytön muovaamia luontotyyppejä kuten niittyjä, hakamaita ja metsälaitumia. Ne ovat usein keskeisiä uhanalaisten lajien elinympäristöjä ja säilyvät vain aktiivisella hoidolla, niitolla ja laidunnuksella. Selkämeren kansallispuiston alueella on arvokkaita ketoja, niittyjä ja merenrantaniittyjä. Näistä osaa hoidetaan niitolla ja laidunnuksella. Rauman saaristossa on jäljellä perinnebiotooppeja Nurmesluodossa ja Omenapuunmaassa. Reksaaren Rohelan rantaa on vielä palautettavissa hakamaaksi. Kaunissaaren edustavan kallioketoa on niitetty Museoviraston työnä.
Säpin majakkasaaren rakennettu ympäristö on saariston kulttuurimaisemaa kauneimmillaan. Ouran saaristo on kokonaisuudessaan valtakunnallisesti merkittävä kulttuurihistoriallinen kohde. Jälkiä ihmisestä Ihminen on ollut läsnä saaristossa jo rautakaudella, mistä on todisteena kiviröykkiö Reksaaressa. Varsinaista asutusta Selkämeren kansallispuiston alueella on ollut 1600-luvulta lähtien. Rauman edustan suuret metsäiset saaret asutettiin ensimmäisinä: torppia nousi 1600-luvulla Nurmekseen, Omenapuumaahan ja Reksaareen. Jo aikaisemmin saaristoa hyödynnettiin etenkin laidunmaana ja polttopuun keruupaikkana. Rauman saariston suurimmat saaret olivat muun muassa kuninkaan kartanon hevossiittolan laidunmaita. Saaristotilojen autioituminen käynnistyi 1950-luvulla. Pakollinen kansakoulu totutti 1930- luvulta lähtien lapset ja nuoret toisenlaiseen tapaan elää ja saaristoon ei enää mielellään palattu. Omavaraistalouden aika oli myös hiipumassa eivätkä kalastus ja maatalous enää kannattaneet aiempaan tapaan. Rauman porvarit rakennuttivat Niemi-Santakarin saarelle vuonna 1857 tunnusmajakan ohjaamaan laivoja satamaan johtavalle väylälle. Saarella oli jo aiemmin ollut tunnusmajakka, mutta se tuhottiin Oolannin sodan uhatessa. Santkarin pookina tunnettu nykyinen tunnusmajakka kunnostettiin ja sen alkuperäinen ilme palautettiin vuonna 1997. Kylmä-Santakarin saarelle valmistui vuonna 1862 luotsiasema, josta on jäljellä enää vain kivijalka. Saarelle rakennettiin myöhemmin uusi luotsitupa piharakennuksineen. Kylmäpihlajan varhaisinta kulttuurihistoriaa edustavat kallioihin tehdyt kaiverrukset. Vanhin vuosiluku löytyy kalliolta usean metrin päässä nykyisestä vesirajasta: vuosiluku 1782 on jäkälän peitossa. Läheltä nykyistä satama-allasta sijaitsee rajankäyntikaiverrus, kuvio, jonka päällä on kruunu ja sivuilla vielä erotettavat liljat. Vuosisatojen ajan Kylmäpihlaja on ollut satunnaisten käyntien kohde. 1600-luvulla saari on toiminut vuokralaitumena lampaille. Asutusta ei saarella ole ollut ennen vuonna 1953 valmistunutta majakkaa ja luotsiasemaa, jotka ovat nykyään matkailukäytössä.
Kuuskajaskari on lukuisten muiden saarten tavoin toiminut kesälaitumena 1600-luvulta lähtien. Ensimmäinen torppa saarelle rakennettiin 1900-luvun alussa. Ensimmäisestä asutuksesta ovat jäljellä kivijalka ja vanhoja pihakasveja. Puolustusvoimien käyttöön saari siirtyi vuonna 1939 ja pysyi melko suljettuna alueena aina 1990-luvun puoliväliin asti, jolloin puolustusvoimat poistui Kuuskajaskarista. Puolustusvoimien entiset kiinteistöt toimivat nykyään majoitustiloina. Pihluksesta voi vielä löytää ryssänuuneiksi kutsuttuja kivilatomuksia. Näissä uuneissa paistoivat leipää Raumalla vuonna 1714 poikenneen venäläisen kaleerilaivaston muonamiehet. Pihluksessa ovat vielä näkyvillä myös II maailmansodan aikaisen vartiotuvan rauniot. Nurmeksessa oli I maailmansodan aikana venäläinen kasarmi, jonka jäänteitä on havaittavissa maastossa. Näkyvissä ovat myös kaksi tykinkehää. Nurmes-Aikonmaassa on useita kalastustiloja. Nurmeksen Vesiluoman tilasta on jäljellä enää talli ja kaivo. Tilalle rakennettiin myöhemmin metsureiden käyttöön tarkoitetut sauna, laituri ja pieni majoitustila. Vesiluoma toimii nykyään melonta- ja vaellusretkien yöpymis- ja saunomispaikkana. Myös Vuorisolan ja Pinokarin tilojen jäljellä olevia rakennuksia voi varata majoituskäyttöön. Nurmes- Aikonmaassa kulkee patikointireitti, jonka varrella sijaitsevat muun muassa vanhat kalastustilat. Reksaari oli rautakaudella tärkeä kauppapaikka. 1100-luvulla saarelle rakennettiin kappeliksi tai kalmistoksi tulkittu rakennelma, jonka perusta on vielä saarella nähtävänä. Selkämeren kansallispuiston alueella sijaitseva Rohelan torppa rakennettiin 1800-luvun lopulla. Itse torppa ja muutama piharakennus ovat vielä jäljellä, mutta torpan pellot ovat jo metsittyneet. Aiemmin varsin avoin pihapiiri on kasvamassa umpeen. Silakanpyynnin tukikohtina viime vuosisatoina toimineista Kallasta ja Susikarista on vielä löydettävissä kalamajojen jäänteitä ja kivistä perattuja venepaikkoja. Kaunissaareen perustettiin höyrysaha vuonna 1874 ja enimmillään saarella asui yli 300 ihmistä. Luonnolle ei siis juurikaan jäänyt tilaa ja saarella seisoi pahimmillaan vain muutama puu. Sahatoiminta loppui vuonna 1923 ja suurin osa rakennuksista siirrettiin muualle. Tällä hetkellä Kaunissaaren ainoa rakennus on uittomiehiä varten 1940-luvulla rakennettu kämppä. Teollisuushistoriasta muistuttavat vain laituriarkkujen ja sähköpylväiden jäänteet, saharakennuksen kivijalka ja painolastikasvit. Maastossa on jäljellä myös runsaasti jätepuuta, joka on osaltaan laajentanut saarta.
Säpissä on ollut asutusta 1700- luvulta lähtien. Jonkinlainen merimerkki saarella on ollut ainakin vuodesta 1779, tunnusmajakka rakennettiin vuonna 1852. Säpin majakka sekä siihen liittyvät asuin- ja talousrakennukset rakennettiin 1870-luvulla. Ensimmäisen maailmansodan aikaan saarella vartioi venäläinen joukko-osasto. Sen jäljiltä on nähtävillä vartiotuvan kivijalka ja ryssänuuneja. Majakan pihapiirissä sijaitsee vieläkin kaksi majakanvartioiden asuinrakennusta ja joitakin talousrakennuksia. Saarella on myös entinen luotsitupa. Vedenalaiset muistot Ouran saaristo koostuu yli 300 kivikkosaaresta. Alueen pääsaari Ouraluoto toimi luotsilaitoksen tukikohtana vuodesta 1851 ja vuonna 1856 Ouran saaristo sai oman tunnusmajakkansa. Nykyinen luotsitupa rakennettiin Ouraluotoon vuonna 1937. Ryssänkasarmiksi kutsuttu rakennus on vuodelta 1916. Se tehtiin alun perin venäläisten sotilaiden yöpymis- ja oleskelutilaksi. Samaan aikaan rakennetusta vartiotornista on jäljellä enää kivikasoja, joihin tornin jalat tukeutuivat. Luotsitupaa ja ryssänkasarmia voi vuokrata kokousja majoituskäyttöön. Satakunnan edustalla merenpohjassa makaa satoja hylkyjä. Kaikkien tarinaa ei tunneta. Vasta 1800-luvun puolenvälin jälkeisistä haaksirikoista tiedetään enemmän. Laivoja on upotettu etenkin sotien aikana. Oolannin sodassa englantilaiset ja I maailmansodassa saksalaiset koituivat usean aluksen kohtaloksi. Moni laiva on tuhoutunut huonossa kelissä tutunkin väylän varrelle. Suurin osa hylyistä on kuitenkin loppuun palvelleiden alusten purettuja rankoja. Jotkin laivat on tarkoituksella haudattu upottamalla.