Mitä DNA-tietoa on nyt mahdollista saada jalostuksen tueksi

Transkriptio

1 Mitä DNA-tietoa on nyt mahdollista saada jalostuksen tueksi Perimänlaajuisen MyDogDNA-testauskonseptin esittely rotuyhdistykselle

2 Sisältö lyhyesti Mitä DNA-tietoa koirista voidaan saada Miksi rodun monimuotoisuuden vaaliminen on niin tärkeää? MyDogDNA perimänlaajuinen analyysi Mitä tietoa omistajalle? Mitä yhdistyksille? Mitä kaikkea rodun perimästä voidaan nähdä perimän monimuotoisuus ja yksilön sijoittuminen suhteessa muihin rodun edustajiin. Miten DNA-tietoa voi hyödyntää jalostuksessa? Monimuotoisuuskartoitus yhdistyksen projektina Helpot stepit Esimerkkejä eri rotujen monimuotoisuuden tasosta Johdatus perimänlaajuiseen MyDogDNA-testauskonseptiin 2

3 Mitä DNA-tietoa koirista voidaan saada Yksilön tunnistamiseen uniikki DNA-tunniste Kennelliitot haluavat sukutaulujen varmistamiseksi Kasvattajat käyttävät polveutumisen varmistamiseen (esim. kaksoisastutukset, pakastesperman käyttö) Rikostapauksissa koiran tunnistamiseen (onnettomuudet, omaisuusrikokset) Rodun perinnöllisten sairauksien testeillä tietoa kantajuuksista Tietoa ulkoisten ominaisuuksien periytymisestä (värit, turkin laatu, töpöhäntäisyys) Monimuotoisuuskartoituksella näkymä rodun jalostuspohjan kestävyyteen Perimän eroavaisuuksia voidaan tarkastella linjoittain tai maantieteellisesti tuontikoirien kohdalla suunniteltaessa rotuunottoja pohjatietona roturisteytystä harkittaessa Johdatus perimänlaajuiseen MyDogDNA-testauskonseptiin 3

4 Miksi on olennaista testata molemmat, sekä perimän monimuotoisuus että tunnetut sairaudet?

5 Harmaasudesta tämän päivän koirarotuihin Koirarotujen historiassa on kaksi merkittävää pullonkaulaa (eli perustajayksilöiden vaikutusta uuden populaation synnyssä) sudesta koiraksi ja koirasta eri roduiksi Jotkut tunnetuista mutaatioista uskotaan esiintyneen jo ennen rotujen ~30,000 vuo)a si)en muodostumista Rotujen muodostuminen valikoidulla Jalostusvalinnoilla on jakanut geneettisen materiaalin ja rikastanut nopeasti erilaisia perinnöllisiä sairauksia. Genetiikan tutkimuksen tavoitteena on tutkia sukulaisrotuja ja löytää geneettinen yhteys tunnettuun perinnölliseen sairauteen ja kehittää sille geenitesti Tänään geenitesteihin panostetaan jotta ei tuotettaisi sairaita jälkeläisiä, mutta rodun geneettisen monimuotoisuuden tasoa tulisi mitata ja seurata 2 samanaikaisesti, jotta vältyttäisiin rikastamasta uusia perinnöllisiä Rotujen ongelmia. muodostuminen ~200 vuo)a si)en 1 Lindblad- Toh et al., Nature Johdatus perimänlaajuiseen MyDogDNA-testauskonseptiin 5

6 Pullonkaulailmiö rodulla Perustajavaikutus Luonnonvalinta Sa9uma Jalostus Ongelma: Valikoiva jalostus vähentää populaaaon geenimuotojen määrää, jos liian vähän koiria käytetään siirtämään perintötekijöitään seuraavalle sukupolvelle. ResessiivisesA periytyvät sairaudet - tunnetut ja harvinaiset- Saavat paremmat mahdollisuudet kehi9yä ongelmaksi asa. Ratkaisu: Testataan, seurataan ja vaalitaan monimuotoisuu9a osana rodun jalostusohjelmaa Menete9yjä geenimuotoja ei ole mahdollista saada takaisin ilman risteytyksiä Johdatus perimänlaajuiseen MyDogDNA-testauskonseptiin 6

7 Mitä tarkoittaa perimän monimuotoisuus? 1. Rodussa olevat erilaiset alleelit (geenimuodot) PopulaaAo 1 (Rotu tai linja jossa paljon monimuotoisuu9a) 2. Monimuotoisuus (heterotsygoda) ja resessiiviset ominaisuudet PopulaaAo 2 (Rotu tai linja jossa vähän monimuotoisuu9a) Vapaa ja terve Kaksi normaalia alleelia Homo- tsygous Kantaja ja terve HeterotsygooL tunnetun ominaisuuden suhteen. Tarvitaan monimuotoisuuden turvaamiseksi! Hetero- tsygous HomotsygooF tunnetun ominaisuuden suhteen. Saa)aa sairastua Homo- tsygous Johdatus perimänlaajuiseen MyDogDNA-testauskonseptiin 7

8 Miksi monimuotoisuudella on merkitystä? YK:n biodiversiteelsopimus (SopS 78/1992): Luonnonvaraisten ja jalostustoiminnassa käyte9ävien eliölajien perintöaineksen monimuotoisuus on turva9ava GeneeLnen terveys OpAmoiva jalostus Karsiva jalostus Sopeutumiskyky parempi Vastustuskyky parempi Lisääntymiskyky parempi Pentuekoot suurempia Sisäsiitosdepressio kasvaa TauArasite suurempi Lisääntymisongelmat Aika/sukupolvet Johdatus perimänlaajuiseen MyDogDNA-testauskonseptiin 8

9 Monimuotoisuuden mittaaminen käytännössä 1. Yksittäinen kohta perimässä (DLA) 2. Muutama kohta (mikrosatelliitit) 3. Perimänlaajuisesti (ennen mahdollista vain tutkijoille, nyt mahdollista jokaiselle koiranomistajalle) Johdatus perimänlaajuiseen MyDogDNAtestauskonseptiin

10 MyDogDNA perimän laajuinen testauskonsepti

11 MyDogDNA kokoaa yhteen perimänlaajuisesti kerättyä DNA-tietoa Koiran uniikki DNA-tunniste polveutumisen ja sukupuun taustaksi (kansainvälinen ISAG-standardi, amerikkalaisille koirille AKC-standardi) Perimänlaajuisesti mitattu yksilön monimuotoisuus kun nähdään yksilön sisäsiittoisuus, osataan sen perusteella varautua esim. allergia-, infektio- tai muihin immuniteettiongelmiin on myös ensimmäinen indikaatio siitä, millä tasolla yksilön jälkeläisten sisäsiittoisuus voi liikkua Testauskonsepti joka yhdistää testauksen ja tutkimuksen testataan yhtäaikaisesti yhteensä yli 130 yksittäistä geenitestiä raportoidaan tulokset rodulla tunnettujen sairauksien osalta tutkitaan lisää, jotta pystytään ymmärtämään paremmin koirien rotukohtaista tautiperintöä Tietokanta antaa valmiudet nähdä oman linjan ja rodun sisälle (esim. tuodaanko tuontikoirilla arvokasta geeniperimää vai ongelmia rotuun) seurata ja parantaa monimuotoisuutta (nähdään ja voidaan tuoda yhteen eriperimäisiä koiria, ehkäistään etteivät resessiiviset taudit pääse ilmenemään ja säilytetään rodun ulkoasulle ja käyttötarkoitukselle arvokkaat geenimuodot) kasvattajayhteistyöhön myös maanrajojen ulkopuolella Johdatus perimänlaajuiseen MyDogDNA-testauskonseptiin 11

12 Mitä tietoa koiranomistajalle? MyDogDNA perimän terveysindeksi kuvaa koiran perimän terveyttä testitiedon (taudit & monimuotoisuus) pohjalta suhteessa muihin MyDogDNAtietokannan koiriin Keskimääräinen koira 100, muut jakautuvat sen ympärille Tulokset perinnöllisten sairauksien ja ulkoisten ominaisuuksien testeistä (MyDogDNA-testilista osoitteessa Yksilön perimänlaajuisesti mitattu monimuotoisuus suhteessa rotuun ja muihin testattuihin koiriin Näkymä yksilöstä rodun sisällä (edellyttää vähintään 30 testattua koiraa per rotu) Oma kasvattajan näkymä Samassa näkymässä oman linjan tai kasvattajalle jaetut koirat rodun sisällä Automaattinen pääsy MyDogDNA Breeder koirien parinmuodostustyökaluun auttaa arvioimaan jalostusvalintojen vaikutusta tulevien sukupolvien terveyteen auttaa löytämään eriperimäisiä rodun edustajia antaa mahdollisuuden ottaa helposti yhteyttä toisten korien omistajiin Johdatus perimänlaajuiseen MyDogDNAtestauskonseptiin

13 Mitä tietoa yhdistykselle? Yhdistys näkee koko ajan rodun populaatio-tason tilanteen Rodun monimuotoisuustason ja rodun linjaisuudet (kun vähintään 30 testattua koiraa) Tautikantajuuksien yleisyyden (kun vähintään 100 testattua koiraa) Jalostustoimikunta voi helposti kerätä itselleen yksittäisten koirien tietoja kasvattajan suostumuksella Jalostusneuvoja voi olla kasvattajan apuna arvioimassa astutuspareja MyDogDNA Breeder parinmuodostustyökalulla Johdatus perimänlaajuiseen MyDogDNAtestauskonseptiin

14 Yksilön ja rodun monimuotoisuus ja linjaisuudet Rodun mediaani, suurin osa koirista on tässä monimuotoisuuden osalta Rodun sisäiset perimältään erilaiset linjat Johdatus perimänlaajuiseen MyDogDNAtestauskonseptiin

15 Miten DNA-tietoa voi hyödyntää jalostuksessa? Johdatus perimänlaajuiseen MyDogDNAtestauskonseptiin

16 Roturisteytyksen vaikutus perimän monimuotoisuuteen Esimerkki: Kromfohrländer Sinisellä näkyvä kuvaaja kertoo Kromfohrländerien monimuotoisuuden ja vertailuna harmaalla oleva kuvaaja koko kannan koirien monimuotoisuuden. Kromfohrländerien monimuotoisuus on melko alhainen 21% heterotsygotialla, joka on 7%matalampi kuin koko kannan koirat keskimäärin Kuvassa nähdään kaksi populaatiota. Pääpopulaatio (vasen piikki) 20% heterotsyogotialla kärsii jo sisäsiittoisuuden ongelmista Oikealla nähdään Suomen Kennelliiton kanssa yhteistyöllä tehdyn roturisteytyksen vaikutus. Roturisteytettyjen yksilöiden heterotsygotia on 35% Johdatus perimänlaajuiseen MyDogDNA-testauskonseptiin Roturisteytys toi toivotun tuloksen. Myöhemmin uusi geneettinen materiaali tullaan yhdistämään muuhun populaatioon ja tulemme näkemään monimuotoisuuden lisääntyvän rodussa 16

17 Perimän monimuotoisuus ja DNA testaamisen ohjelma Perimän monimuotoisuuden monitorointi ja perinnöllisten sairauksien yleisyyksien tarkastelu on mahdollista raporttien päivittyessä aina kun uusi koira testataan. Rotutason raportointi niin monimuotoisuuden kuin testattujen sairauksienkin suhteen on kaikille nähtävissä sivustolla mutta vain MyDogDNA tilin omistajat voivat nähdä erikseen toteutetut raportit sekä yksittäisten koirien kaikki tulokset Johdatus perimänlaajuiseen MyDogDNA-testauskonseptiin 17

18 Miten hyödyntää DNA-tietoa jalostuksessa Esimerkki: Kultainennoutaja Rodun monimuotoisuutta on syytä parantaa Jalostuksessa pitäisi yhdistää eriperimäisiä yksilöitä Rodussa tunnetaan kaksi linjaa: näyttely- ja metsästyslinjat 25,5% Johdatus perimänlaajuiseen MyDogDNAtestauskonseptiin 18

19 Miten hyödyntää DNA-tietoa jalostuksessa Esimerkki: Kultainennoutaja Linjat voidaan tunnistaa perimän tasolla ja testattujen yksilöiden erilaisuus voidaan nähdä MyDogDNA Breeder työkalulla on mahdollista löytää eriperimäiset yksilöt tai arvioida jo suunnitellun astutusparin vaikutuksen pentueen terveyteen Huomioitava kuitenkin edelleen sukutaulut sekä mahdolliset tautikantajuudet, joita ei ole testattu MyDogDNA-testipaneelilla Johdatus perimänlaajuiseen MyDogDNAtestauskonseptiin

20 Jalostusstrategian seuranta rodussa Testatun populaation monimuotoisuuden kehitystä ja testattujen tautien yleisyyttä voi seurata automaattisesti päivittyvillä raporteilla Rodun populaatiotason raportit näkyvät kaikille julkisella sivustolla, mutta vain käyttäjätilin omistajat näkevät oman testatun koiran tai heille jaettujen testattujen koirien sijoittumisen rodussa Johdatus perimänlaajuiseen MyDogDNAtestauskonseptiin

21 Monimuotoisuuskartoitus yhdistyksen projektina Johdatus perimänlaajuiseen MyDogDNAtestauskonseptiin 21

22 Helpot stepit Jäsenet Dlaavat MyDogDNA PASS - testauspakedn verkossa Hinta 99 EUR + tesakian posatus 8 EUR Asiakas voi Ala9uaan myös noutaa tesakiat Genoscoperin laboratoriosta Näy)eeno)o Eläinlääkäri tai kennelneuvoja o9aa Yhdistyksen joukkonäy9eeno9o Pääkaupunkiseudulla Genoscoperin laboratoriosta voi varata ajan Näyte saapuu laboratorioon ja analyysi alkaa Tulokset ovat valmiina MyDogDNA- Detokannassa Omistajat saavat koiriensa tulokset ja voivat jakaa ne halutessaan yhdistykselle Yhdistys saa oman käy9äjätunnuksen, jonka kau9a yhdistys pääsee näkemään rodun raportoinnin ja jonka alle voi kerätä yksi9äisten koirien Aetoja Tutkijan yhteenveto tuloksista Kun testa9uja koiria rodussa on yli 100 yhdistys saa maksu9oman tutkijan yhteenvedon (arvo 1500 EUR+ALV) 2 4 arkipäivää 1-2 viikkoa 4-6 viikkoa 1-2 viikkoa VIESTIMME PROJEKTISTA YHDESSÄ KASVATTAJILLE MEILLÄ JA MUUALLA Johdatus perimänlaajuiseen MyDogDNAtestauskonseptiin 22

23 Nykyistä monimuotoisuusjakaumaa Rotu Testattu otanta Heterotsygotia-aste % Akita Inu ,6 Brasilianterrieri ,3 Englanninspringerspanieli ,1 Karjalankarhukoira ,3 Kromfohrländer > ,3 Kultainennoutaja > ,5 Labradorinnoutaja ,8 Lagotto Romagnolo > ,3 Leonberginkoira ,9 Harmaa norjanhirvikoira ,8 Parsonrusselinterrieri > ,4 Rhodesiankoira ,4 Samojedinkoira ,2 Sileäkarvainennoutaja ,5 Suomenajokoira ,0 Suomenlapinkoira > ,8 Suomenpystykorva ,2 Vehnäterrieri , Johdatus perimänlaajuiseen MyDogDNA-testauskonseptiin 23

24 Tehdään yhdessä koirista terveempiä! Marjut Ritala RotuyhdistysprojekAt Jonas Donner FT, Tutkimusjohtaja Johdatus perimänlaajuiseen MyDogDNAtestauskonseptiin