Mikrobinimistön käyttö ja ylläpito

Transkriptio

1 Mikrobinimistön käyttö ja ylläpito Olli Meurman Ylilääkäri, Tykslab kl. mikrobiologia Pj. THL Mikrobinimikkeistötyöryhmä

2 Mikrobinimistö Tartuntatautilaki edellyttää laboratorioiden ilmoittavan tartuntatautiasetuksessa ja ministeriöiden määräyksissä luetellut mikrobilöydökset THL:lle. Tämä edellyttää strukturoitua nimistöä. Tartuntatautirekisterin mikrobinimikkeistö julkaistiin Versio 2.0 ilmestyi 1997, ja myöhemmin nimikkeistö siirtyi internettiin, mikä helpotti päivittämistä

3 Mikrobinimistö Laboratorioilla on kullakin oma mikrobinimistönsä, joka on tarpeen vastattaessa laboratoriolöydöksiä atkjärjestelmiin Nämä nimistöt vaihtelevat jonkin verran laboratorioittain, ja sisältävät mikrobinimien lisäksi myös muita, atkteknisesti nimiin rinnastettavia määreitä, kuten esim. Negatiivinen, Grampositiivinen kokki ja Sekakasvua

4 Laboratorion ilmoitukset Lab nimistö THL nimistö Ilmoitus

5 Laboratorion ilmoitukset Lab nimistö THL nimistö Sähköinen ilmoitus v.1995 v % v % v.2013 n.96%

6 Laboratorion ilmoitukset Tietokanta laiteliitäntä laiteliitäntä Lab nimistö THL nimistö Sähköinen ilmoitus Tietokanta Genotyyppipohjaiseen taksonomiaan siirtyminen on kasvattanut mikronimistöä oleellisesti

7 Mikrobinimikkeistötyöryhmä kehittää ja ylläpitää kansallisen mikrobiluettelon tietosisältöä pohjautuen tartuntatautirekisterin mikrobiluetteloon oman erikoisalansa osalta, seuraavilla osa-alueilla: laboratoriovastausten tallentaminen yhdellä yhteisellä koodistolla kansalliseen sähköiseen potilastiedon arkistoon (KanTa, earkisto) yhtenäisen mikrobiluettelon tarjoaminen kliinisen mikrobiologian laboratorioiden laboratoriojärjestelmien käyttöön, vaihtoehtona laboratorioiden omille nimikkeistöille tartuntatautien rekisteröimisen ja seurannan erityisvaatimusten huomioiminen tartuntatautirekisterin kantakokoelman tarpeiden huomioiminen varmistaa kansallisen mikrobiluettelon yhteensopivuus muihin koodistoihin kuten Kuntaliiton laboratoriotutkimusnimikkeistöön

8 Mikrobinimikkeistötyöryhmä Marjukka Härkönen (Fimlab ja Kuntaliitto) Sakari Jokiranta (Helsingin yliopisto) Pirkko Koukila-Kähkölä (Huslab) Eija Könönen (Turun yliopisto ja THL) Maija Lappalainen (Huslab) Silja Mentula (THL, sihteeri) Olli Meurman (Tykslab, pj) Teemu Möttönen (THL) Merja Rautio (Huslab) Mika Salminen (THL) Anja Siitonen (THL) Olli Vapalahti (Helsingin Yliopisto) Toimiaika

9 Työryhmän työskentely Mikrobiryhmät jaettiin ryhmän jäsenille kotitöiksi Lisäys- ja muutosehdotukset käydään kokouksissa yhdessä läpi stössä pyritään mahdollisuuksien mukaan hierarkkiseen rakenteeseen Enterobacter sp. Enterobacter cloacae complex Enterobacter asburiae Enterobacter cloacae Enterobacter hormaechei stöön päätettiin ottaa pääsääntöisesti vain ne mikrobit, joita on löydetty ihmisperäisistä näytteistä

10 Ongelmia Päivitystyön laajuus (satoja lisäyksiä) Synonyymit, ryhmänimet, suomenkieliset ilmaisut (vesirokkovirus) Hierarkia (hankala mm. sienillä) Raja nimen ja ominaisuuden välillä häilyvä (alfahemolyyttinen streptokokki, EHEC yms.) Ryhmän työnjako, aikataulujen sovittaminen, kokoontumiset Taulukoiden rakentaminen ja viimeistely jne.

11 Mikrobinimistö Tilanne en lukumäärä Alussa Lisäyksiä Nyt yhteensä Bakteerit Virukset 48?? Sienet Parasiitit Yhteensä Lisäksi korjauksia n. 150 (muutos hierarkiassa, kirjoitusvirhe, muutos taksonomiassa, poisto, ym.)

12 Tulevaisuudessa Työryhmä pyrkii siihen että nimistö saadaan julkaistua ensi keväänä Luettelo tulee THL:n koodistopalveluun jakeluun; lisäksi voidaan tarpeen mukaan tuottaa pdf-listauksia TT-rekisterin/mikrobiluettelon www-sivuille laitetaan linkki lisäyspyyntöä varten (aluksi ainakin sähköpostilinkki, johon voi lähettää vapaamuotoisen pyynnön) Jatkotyötä varten nimetään asiantuntijaryhmä, joka tarvittaessa käsittelee ehdotettuja lisäyksiä ja arvioi seuraavan isomman päivityskierroksen tarvetta Päivitysten automaattinen siirtyminen laboratorioiden järjestelmiin pyritään saamaan mahdolliseksi

13 Kiitokset Silja Mentulalle ja Teemu Möttöselle avusta tämän esityksen valmistamisessa Koko työryhmälle yhteisistä hetkistä taksonomian parissa Mikrobeille hämmästyttävästä monimuotoisuudesta