50. Kaivosteollisuuden koulutuspäivät Kemissä sivu 4. YHTEISET PIKKUJOULUT TALLINNASSA

Transkriptio

1 Analyysi 50. vuosikerta I Suomen Laboratorioalan Liitto ry:n ammatti- ja yhdistyslehti I 3/2013 Kaivosteollisuuden koulutuspäivät Kemissä sivu 4 45 Suomen Laboratorioalan Liitto 50. ANALYYSI-LEHTI VUOSIKERTA YHTEISET PIKKUJOULUT TALLINNASSA sivu 10 VUOTTA

2 Poimintoja AEL:n monipuolisesta koulutustarjonnasta TarTu TilaisuuTeen! Laboratorion laatuvastaavan työkalupakki Jäteveden analyysimenetelmät Itiölliset bakteerit elintarviketeollisuudessa Mikrobiologian peruskurssi Liuos- ja seoslaskut laboratoriossa , Oulu Muovituotteen mittaaminen ja laadunvarmistus Mikrobiologisten menetelmien validointi Termoanalyysimenetelmät - monipuoliset sovellusmahdollisuudet Aseptiset työtavat laboratoriossa Lämpöarvon mittaaminen Näytteenotto ympäristötutkimuksissa, peruskurssi Näytteenotto maaperästä ja kiinteistä jätteistä, erikoistumiskurssi Näytteenotto talous- ja uimavesistä, erikoistumiskurssi Näytteenotto vesi- ja vesistötutkimuksissa, erikoistumiskurssi koulutukset pidetään ael:ssä ellei toisin mainita. lisätietoja: anneli Mörsky, koulutussihteeri puh , anneli.morsky@ael.fi kaarnatie 4, helsinki PUhelin ANALYYSI 3/2013

3 Analyysi 50. ANALYYSI-LEHTI Päätoimittaja, Jaana Vainio tilaukset Lepomäentie 4, Aura GSM VUOSIKERTA Analyysi 3/2013 Talous Ilmoitukset Markkinointi Sinikka Collanus Löytänänkatu 2 B 11, Turku puh. koti (02) , puh. työ (02) sinkol@utu.fi Ann Sofie Wierda Vanha Paraistentie 5, Kuusisto puh. työ (02) GSM ann.wierda@utu.fi Jouko Marttila Iltapäiväntie 7 D, Espoo puh. työ GSM jouko.marttila@laboratorioalanliitto.fi Kannen kuva: Henna Huopainen Kannen kuvassa: Henna Huopainen suoritti työharjoittelujaksonsa Hollannissa. SISÄLLYSLUETTELO Kaivosteollisuuden koulutuspäivä Kemissä Päätoimittajalta... 5 Juuri se oikea Hygieniatarkkailumenetelmien valinta elintarviketuotannon omavalvontaan... 6 Yhteiset pikkujoulut yhdistyksille Puheenjohtajalta Julkaisija Suomen Laboratorioalan Liitto ry Toimituksen Analyysi / Jaana Vainio osoite Lepomäentie 4, Aura jaana.vainio@laboratorioalanliitto.fi Painatus Offset Ulonen Oy puh ISSN Osoitteenmuutokset Toini Turtiainen Rätiälänkatu 11 c 34, Turku toini.turtiainen@dekra.com puh Lehden ilmestymisaikataulu vuodelle 2013 Nro Ilmestyy Aineisto toimitukselle Painotuote Laboranttiopiskelija Hollannissa Toisenlaista kemiaa Yhdistykset toimivat: Päijät-Hämeen yhdistyksen keväinen luontoretki BioImageXD ja biokuvien informatiikka Koulutus-teema: Laboratorioalan tutkintotoimikunnasta Liiton kannanotto Koulutus-teema: Haastattelut Uusi lukijakilpailu: Missä Ellu luururaa? Edellisen sudokun ratkaisu Tyrniöljyllä edullisia vaikutuksia metabolomiin Espoon Omnia Fermionilla Tapahtumien ABC Sudoku Yhdistykset ja toimihenkilöt Palvelukortti ANALYYSI 3/2013 3

4 KAIVOS- TEOLLISUUDEN KOULUTUSPÄIVÄ KEMISSÄ Ammattiopisto Lappia, KOSMOS -talo, auditorio Koulutus on tarkoitettu kaikille laboratoriossa työskenteleville sekä näytteenottajille ja on hyväksytty sertifioitujen näytteenottajien ylläpitokoulutukseksi. Maanantai Luento Luennoitsija Aamupala/ kurssin avaus Suomen Laboratorioalan Liitto ry Mikroaaltomärkäpoltto (näytteen liuotus) Harri Köymäri, FM, Hosmed Oy Atomispektroskopia (AAS, ICP-OES, ICP-MS) Harri Köymäri, FM, Hosmed Oy Tekniikoiden soveltuvuudesta kaivosteollisuuden laboratorioon XRF-tekniikka, -laitekanta, soveltuvuus, Jan Roms, Thermo Scientific -näytteenkäsittely, erityisesti kaivosteollisuudennäytteet Lounas Näytteenotto ja esikäsittely Marja Liisa Räisänen, Erikoistutkija, FT Geologian tutkimuskeskus Suodatinpaperin valinta ja esimerkkejä Jussi Junkkarinen, FM, GE Healthcare kaivosteollisuudesta Kahvi ja todistusten jako ph-mittaus ja elektrodit Harri Repo, Myyntipäälikkö VWR International OY Ilmoittaudu heti, viimeistään mennessä: Margit Häkli, Ohjelmatiedustelut: Margit Häkli, puh , Kurssin hinta sisältäen kurssimateriaalin ja ohjelman mukaiset ateriat jäseniltä 290 b, ei jäseniltä 360 b Mikäli osanotto perutaan ohjelmassa mainitun ilmoittautumispäivän jälkeen, perimme toimisto- ja varauskuluina 90 b. Kurssimateriaalit jaetaan muistitikuilla; ei kansioissa. Päivitetty ohjelma nettisivuillamme Pidätämme oikeuden ohjelmamuutoksiin. Koulutus toteutetaan myös Turussa marraskuussa ja Kuopiossa tammikuussa, joten seuraa nettisivujamme Tervetuloa koulutukseen! Suomen Laboratorioalan Liitto ry / koulutus 4 ANALYYSI 3/2013

5 Nainen, osta joululahjat jo nyt palkanmaksusi päättyy lokakuussa Paikallisradiossa keskusteltiin lasten tekemistä kotitöistä ja viikkorahan maksamisesta. Korvaani tarttui radiojuontajan ohjeistus eräälle soittajalle: Muista sitten maksaa tehdystä työstä pojalle euro ja tyttölapselle vain kahdeksankymmentä senttiä! Valitettavasti tämä ei ole vitsi, vaan totuus monilla työpaikoilla. Yleisesti tiedossa on, että miesvaltaisilla aloilla maksetaan yleisesti parempaa palkkaa kuin naisvaltaisilla aloilla. On kuitenkin epäreilua, että edelleen samaa työtehtävää hoitavat naiset saavat keskimäärin pienempää palkkaa kuin miespuoliset kollegansa. Tilastokeskus julkaisee vuosittain ansiotasoindeksin, jonka mukaan vuonna 2012 naisten palkka on tosiaan vain 80% miesten palkasta. Jos tämä muutetaan vuosipalkaksi, naisten palkka oli maksettu jo lokakuunlopussa, joten loppuvuoden me naiset työskentelimme palkatta. Tämän vuoden tuloksia ei ole vielä tiedossa, mutta valittavasti merkit viittaavat siihen, että suurista ponnisteluista huolimatta parannusta ei ole tapahtunut. Mikä sitten on syynä edelleen näin suureen palkkaeroon, onhan naiset olleet täysipäiväisesti mukana työelämässä jo lähes sata vuotta. Vaikka sotien aikana naisten tekemä kodin ulkopuolinen työ oli välttämättömyys maan perustoiminnoille, maailmansotien välisenä aikana naiset olivat teollisuutemme halpatyövoimaa. Valtioneuvosto antoikin vuonna 1945 ohjepalkat, joiden perusteella naisille tuli maksaa vähemmän kuin miehille. Naiset kokivat tämän jo tuolloin epäoikeudenmukaiseksi. Vaikka palkkasäännöstely kumottiin 50-luvun puolivälissä, käytäntö jäi elämään. Usein palkkaeroa perustellaan perhevapailla. Oppivatko tai pätevöityvätkö miehet tosiaan niin paljon noiden muutaman vuoden aikana, että se oikeuttaa maksamaan heille selvästi suurempaa palkkaa. Myös naisten huonomman etenemisen työuralla arvellaan selittävän palkkaeroja. Työpaikoilla naiset sijoittuvat tavallisesti hierarkian alem- piin, avustaviin tehtäviin ja miehet ylempiin, vaativiin asiantuntija- ja johtotehtäviin. Lisäksi määräaikaiset työsuhteet ovat kasautuneet erityisesti nuorille ja korkeasti koulutetuille naisille. Kuitenkin Sosiaali- ja terveysministeriön mukaan keskimäärin naisten työura on vain vuoden lyhyempi kuin miesten ja me naiset olemme korkeammin koulutettuja kuin miehet. Joten olemmeko siis vaan liian kilttejä, emmekä vaadi arvostusta ja kunnon palkkaa osaamisestamme. Ruokimmeko edelleen myös itse yhteiskuntamme vanhakantaista näkemystä, että mies on perheen elättäjä. Tulevien vuosien palkankorukset näyttävät olevan jo lukkoon lyötyjä. Mutta jatkossa me voimme jokainen yksin ja yhdessä pyrkiä nujertamaan vanhoja käsityksiä, arvostamaan enemmän osaamistamme ja sitä kautta saada myös palkkamme kohdilleen. STTK kampanjoi tänäkin syksynä palkkaerojen kaventamisen puolesta viettämällä lokakuussa Naisten Palkkapäivää, johon sinäkin voit osallistua. Voit myös lukea aiheesta seuraavasta Analyysilehdestä. n Värikästä syksyä kaikille, Jaana Vainio Päätoimittajalta ANALYYSI 3/2013 5

6 Juuri se oikea Hygieniatarkkailumenetelmien valinta Laboratorioanalytiikan kehitys on monella osa-alueella ollut huimaa. Siihen nähden tuntuukin ehkä hieman yllättävältä, että suurin osa tänä päivänä tehtävistä mikrobiologisista määrityksistä tehdään edelleen käyttäen pitkälti toistasataa vuotta sitten kehitettyjä viljelymenetelmiä. Näiden perinteisten menetelmien heikkouksien lista on pitkä: ne vaativat suuria tilavuuksia (kalliita) elatusaineita ja muita reagensseja, eivät useinkaan ole tarpeeksi valikoivia, ovat työläitä ja aikaavieviä, vaativat paljon tilaa kasvatuskaapeissa ja tuottavat paljon jätettä. Koska tulosten saamiseen menee useita päiviä, ne sopivat varsin huonosti esim. nopeasti markkinoille saatettavien tuotteiden kuten elintarvikkeiden ja niiden tuotantoympäristön hygieniatarkkailuun. Ruoka on jo syöty, ennen kuin laboratoriotulos varmistuu. Useimmat mikrobiologiset standardimenetelmät ovat edelleen viljelymenetelmiä. Eri laboratorioilla on varsin erilaisia lähtökohtia, vaatimuksia ja tavoitteita ja nämä heijastuvat myös menetelmien valintaan (Kuva 1). Standardimenetelmät ovat analyyttisinä vertailumenetelminä elintarvikelainsäädännön turvallisuus- ja hygieniavaatimuksissa (mikrobikriteeriasetus eli Komission asetus (EY) N:o 2073/2005 elintarvikkeiden mikrobiologisista vaatimuksista, muutoksineen). Asetuksen artiklassa 5 luvataan, että myös vaihtoehtoiset määritysmenetelmät ovat sallittuja, jos kansainvälisesti hyväksyttyjen periaatteiden mukaan tehdyllä validointimenettelyllä on pystytty osoittamaan, että niillä saadaan vähintään vastaavat takeet tuotteiden turvallisuudesta kuin vertailumenetelmällä. Viranomaisnäytteitä ja lainsäädännön määräämiä näytteitä analysoivien akkreditoitujen laboratorioiden menetelmärepertuaari ei useinkaan ole tarkoituksenmukainen tuotantolaitosten omavalvonnan ja HACCP-järjestelmän tarpeisiin. Jokin kaupallinen pikamenetelmä saattaisi olla käyttökelpoisempi vaihtoehto. Termi pikamenetelmä on tässä lainausmerkeissä, koska harvoin nämä vaihtoehtoisetkaan menetelmät antavat tuloksen saman tien, mutta jossain suhteessa analyysin työvaiheet tai tuloksen toteaminen ovat helpompia ja/tai nopeampia kuin perinteisissä viljelymenetelmissä. Hyvältä pikamenetel- 6 ANALYYSI 3/2013

7 Kirjoittaja ja kuvat: Tuija Pirttijärvi, yliopettaja, ETT Hämeen ammattikorkeakoulu, Bio- ja elintarviketekniikka PL230 (Visamäentie 35B), Hämeenlinna puh. (03) , elintarviketuotannon omavalvontaan Kuva 1. Mikrobiologisen menetelmän valintaan vaikuttavia tekijöitä. >> ANALYYSI 3/2013 7

8 >> mältä (vaihtoehtoiselta menetelmältä) odotettavia ominaisuuksia ovat mm. nopeus ja yksinkertaisuus mahdollistaa tuotantoprosessin ohjauksen edullinen hinta / laatu suhde (instrumentin, reagenssien ja työn suhteen) reagenssien riittävän pitkä käyttöikä ei vaadi paljoa (kasvatus)tilaa luotettavuus, täsmällisyys, toistettavuus spesifisyys, selektiivisyys herkkyys (alhainen toteamisraja/ määritysraja) Kannattaa myös tarkistaa, onko harkinnan kohteena olevalla kaupallisella tuotteella tiedeyhteisön, viranomaistahojen tai validointiorganisaatioiden hyväksyntä se olisi hyvä lähtökohta. Tällaisia kaupallisia validoituja pikamenetelmiä onkin tullut markkinoille ilahduttavan paljon. Validointiorganisaatiot kuten pohjoismainen NordVal, eurooppalainen MicroVal, ranskalainen AFNOR ja yhdysvaltalainen AOAC Research Institute julkaisevat nettisivuillaan ajantasaisia validointilistoja. Pohjoismaisen elintarvikkeiden metodiikkakomitean NMKL:n puitteissa toimivalla NordValilla oli kesäkuussa 2013 listoillaan 28 validoitua mikrobiologista pikamenetelmää. Listalta löytyy testikittejä kokonaisbakteerien, hiivojen ja homeiden, enterobakteerien, koliformien, Escherichia colin, listerian, salmonellan, kampylobakteerien, Staphylococcus aureuksen ja Cronobacter spp:n määrityksen ja/ tai osoittamiseen. Kun miettii mitä eri vaihtoehtoja patogeenien ja hygieniaindikaattorien määrittämiseen on tarjolla, kannattaa tutustua näihin validointilistoihin tuotteita löytyy jo satoja. Laajimmassa, AOAC RI:n listassa on yksistään salmonellan määrittämiseen tarjolla jo n. 40 validoitua testikittiä. Vaihtoehtoiset mikrobien osoitus-, määritys-, tunnistus- ja tyypitysmenetelmät perustuvat moniin eri periaatteisiin (Kuva 2). Validointilistoilta löytyy mm. immunologisiin ja biokemiallisiin reaktioihin, MPN-, PCR- ja hybridisaatiotekniikoihin perustuvia kittejä, petrifilmejä ja muita kuivamaljoja, kosketusliuskoja, kromogeenisiä ja fluorogeenisiä testejä. Myös allergeeneille ja toksiineille on tarjolla monia eri pikatestejä. Menetelmän valintaan vaikuttaa - paitsi edellä luetellut menetelmältä odotetut hyvät ominaisuudet myös käyttökohde- ja tarve. Onko määritys tarpeen tehdä kiinteästä tai nestemäisestä näytteestä tai kenties ilmasta tai pinnoista? Näytteenotto on usein koko analyysin tärkein vaihe! Onko näytteessä tiettyjä analyysitekniikoita haittaavia inhibiittoreita? Onko näyte samea? Tarvitaanko kvantitatiivinen tulos vai riittääkö kvalitatiivinen? Kuinka nopeasti tulos tarvitaan? Onko tarvetta tunnistaa haittamikrobi lajitasolle tai jopa jäljittää, mistä kyseinen kanta on peräisin? Monet yritykset, joissa ei ole varsinaisia laboratoriotiloja, pystyvät tekemään omavalvonnassaan toiminnan riskit huomioon ottaen riittävää hygieniavalvontaa käyttämällä mm. kosketusliuskoja, kuivamaljoja ja valmiita laimennusliuoksia. Luminometrinen ATP-määritys on myös hyvin suo- 8 ANALYYSI 3/2013

9 sittu erityisesti pintojen puhtauden tarkkailussa, onhan se todellinen pikamenetelmä antaessaan tuloksen muutamassa minuutissa. Monet immunoassayt ovat myös melko nopeita ja yksinkertaisia. Haaveissa on saada tuotantoprosessiin hygieenisten vaarojen monitorointiin yhtä yksinkertaisia online-mittareita kuin lämpö- ja ph-mittarit. Näitä odotetaankin biosensorien, nanoteknologioiden ja bioaktiivisten materiaalien kehityksestä. Biosensoreita on kehitetty paitsi orgaanisten molekyylien ja kemiallisten kontaminanttien kuten torjunta-aineiden ja raskasmetallien osoittamiseen, myös patogeenien osoittamiseen (kts. esim. Velusamy ym., An overview of foodborne pathogen detection: In the perspective of biosensors, Biotechnology Advances 28 (2010) ). Tällä rintamalla odotetaan kiinnostuneena uusia kaupallisia ja käyttökelpoisia mittareita. n Kuva 2. Mikrobien osoitus-, tunnistus- ja tyypitysmenetelmien periaatteita. ANALYYSI 3/2013 9

10 Yhteiset Pikkujoulut Suomen Laboratorioalan yhdistyksille Tervetuloa viettämään yhteisiä pikkujouluja Tallinnaan la Meriton Grand Conference & Spa Hotelli Lauantaina päivällä ohjelmassa on vapaata, jolloin voi esim. tilata erilaisia hoitoja (kasvo- ym.) hotellilta tai muista Tallinnan hoitolaitoksista, shoppailla omatoimisesti, tutustua kaupunkiin ym. Varsinainen pikkujoulun juhlinta illallisineen aloitetaan hotellissa klo Osallistumismaksut: 2hh hinta 75 b/standard huone twin/dbl, 1 hh 65 b/vrk. Majoituksen hintaan kuuluu runsas buffet -aamiainen, kuntosalin ja kylpylän käyttö sekä aamutakit ja tossut Varietee -illallinen b/hlö Lisäksi kuluja tulee matkoista Helsinkiin ja laivamatkasta Tallinnaan. Tarkemmat tiedot matkojen hinnoista ja yhteiskuljetuksista saat omasta yhdistyksestäsi. Sitovat ilmoittautumiset viimeistään Saat isätietoa omasta yhdistyksestäsi tai yhdistyksien omilta sivuilta Ilmoita myös mahdolliset ruoka-aineallergiat. Ilmoittautumisen yhteydessä saat tilinumeron, johon osallistumismaksu (sisältää pikkujouluillallisen ja majoituksen) tulee maksaa. Huom! Tallinnaan matkustavilla täytyy olla joko passi tai kuvallinen henkilökortti. Tervetuloa sankoin joukoin viettämään ainutlaatuista ja riehakasta Pikkujoulua Liiton ja Analyysi-lehden juhlavuoden kunniaksi! Toivottavat Suomen Laboratorioalan Liiton jäsenyhdistykset 10 ANALYYSI 3/2013

11 TYK-valmennuksesta Sain mahdollisuuden osallistua keväällä työkykyä ylläpitävään ja parantavaan valmennukseen eli TYK-valmennukseen. Asiassa edetään siten että, ensin keskustellaan työterveyshuollon sekä työnantajan kanssa. Tämän jälkeen lähetetään hakemus kansaneläkelaitokseen jossa hakemus hyväksytään tai hylätään. En tiennyt ilmoittautuessani TYK- valmennuksesta vielä paljon mitään. Informaatiotilaisuudessa selvisi, että valmennuksen tavoitteena on oppimisprosessin avulla luoda edellytyksiä työkyvyn säilyttämiselle ja kehittämiselle. Lisäksi selvennettiin mitkä ovat kuntoutuksen tavoitteet, sisältö sekä käytännön asiat. Valmennus vaikutti tosi mielenkiintoiselta ja hyvä idea oli, että osallistujat koostuivat kaupungin eri organisaatiosta ja kuntoutujien ryhmä oli pieni. Ensimmäinen kuntoutusjakso alkoi ja siellä selvitettiin jokaisen osallistujan kuntoutustarvetta ja mahdollisuuksia, jotta työ- ja toimintakyky sekä henkilökohtainen hyvinvointi paranisi. Ohjelmaan kuului yksilöllistä ohjausta, ryhmäkeskusteluja, työhön ja toimintakykyyn liittyviä tutkimuksia sekä liikuntaa. Valmennuksen tavoitteena on oppimisprosessin avulla luoda edellytyksiä työkyvyn säilyttämiselle ja kehittämiselle. riittäneet ja iltaisin harrastettiin lisää liikunta. Joten loppujen lopuksi suunnittelin melkeinpä kalenteri kädessä tehokasta ajankäyttöä valmennuksen aikana. Eipä ollut kovin rentouttavaa ja henkistä toimintakykyä parantavaa Kahden viikon aikana alkoivat asiat onneksi kirkastua ja kaikissa keskusteluissa kävi ilmi kuinka aikataulutettua, suunnitelmallista, kiireistä ja stressaavaa joka elämän osa-alueella voi olla. Sanotaan, että oravanpyörästä on hyvä hypätä välillä pois. Huomasin itsekin olevani melkoisessa karusellissa ja nyt opettelen hiljentämään vauhtia. Odotankin innolla seuraavaa valmennusjaksoa ja katsotaan, kuinka hyvin olen saavuttanut tavoitteeni. Suosittelen lämpimästi teille kaikille tätä monipuolista TYK-kuntoutusta. n Hiljaa hyvä tulee :) Syysterveisin, Puheenjohtaja Jaana Nousiainen Puheenjohtajalta Valitettavasti tällä kuntoutujalla ei mennyt kaikki aivan putkeen heti alkuun. Valmistautuminen ensimmäiselle jaksolle alkoi seuraavasti: Soitin ja pyysin yhden hengen huoneen, että voin rauhassa tehdä iltaisin töitä. Ajatuksissani oli tietenkin saada kaikki rästihommat tehtyä valmiiksi valmennusiltoina. Innoissaan ajattelin, että ehtisin jotain asioita tehdä jo eteenpäinkin. Mutta tietenkään valmennuksen päiväohjelmat eivät ANALYYSI 3/

12 Kirjoittaja ja kuvat: Henna Huopainen Laboranttiopiskelija Hollannissa En ollut koskaan aikaisemmin paljoa matkustellut. Oli samalla jännittävää ja samalla todella pelottavaa, että suorittaisin kolmen kuukauden työharjoittelujaksoni Hollannissa, tuossa tulppaanien, puukenkien ja tuulimyllyjen maassa. Kahden ja puolen vuoden ammatillinen koulutus laborantiksi oli loppusuoralla, joten matkakuumeessani halusin ennen valmistumistani saada hieman erilaista työ- ja elämänkokemusta. Onnistuin saamaan harjoittelupaikan pienestä Wageningenin kaupungin yliopis- Henna valmistelee bioreaktoria selluloosan käsittelyä varten. Takana on ohjaaja Hans kaverina. tosta. Pääsin osastoon, jossa tutkimuskohteena erikoistutaan ruuan kehittämiseen ja biomassan muuntamiseen uusiutuviksi tuotteiksi kuten bioenergiaksi. Pari ensimmäistä viikkoa meni sen ajatuksen sisäistämiseen, että olen vieraassa maassa ja toimeen on tultava englannin kielellä. Kolmas ja neljäs viikko väsytti todella paljon ja olisin tehnyt mitä tahansa saadakseni kuulla vähän suomea. Kun totuin arkeen ja pääsin pienestä kulttuurishokistani, niin olo oli luontevampi eikä suomen kielikään tuntunut enää niin tärkeältä. Laboratoriossa oli pääasiassa vain ohjaajani, joten ihmisiin ei ollut kovin helppoa tutustua. Ainoastaan lounasaikaan pystyi tutustumaan muihin opiskelijoihin ja reippaasti muiden mukaan meninkin. Opiskelijoita oli myös muualta Euroopasta työharjoittelussa, joten oli hauska jakaa kokemuksia ja vertailla erilaisia tapoja. Ihmiset olivat todella mukavia ja helposti lähestyttäviä. Ohjaajieni kanssa tulin hyvin toimeen, mutta heidän englannin kielensä oli joskus sekavaa. Yleensä hollantilaiset puhuivat todella hyvin englantia, mutta ohjaajani saattoivat usein puhua hollantia ja englantia sekaisin ja aikaa myöten siinä sivussa väkisin oppi itsekin vähän hollantia. Hans ohjasi minua TGA:n käytössä (thermogravimetric analyzer), titrauksessa ja bioreaktorien käytössä. Jacinta ohjasi minua sokerien analysoinnissa 12 ANALYYSI 3/2013

13 Toisenlaista Sanna Tomukorpi HPLC:llä. Molemmat olivat kärsivällisiä ja rentoja opettajia. Työmatkat taittuivat pyöräillen ja pyöräily onkin Hollannissa todella suosittua, minkä voi huomata jo liikennejärjestelyissä. Pyöräilijät ja jalankulkijat on erotettu omille kaistoilleen ja jos pyöräilijöille ei jostain syystä ole omaa kaistaa, on sopivampaa pyöräillä autojen seassa. Majapaikkani ja yliopisto olivat toisilla puolilla kaupunkia ja silti perille polki vartissa. Työajat taas eivät olleet minuutin tarkkoja, siinä missä Suomessa tykätään täsmällisyydestä. Vapaa-aikaani käytin urheillen, matkustellen ja muuten paikallisten kanssa oleskellen. Lyhyiden etäisyyksien takia matkustaminen junalla muihin kaupunkeihin oli nopeaa ja suhteellisen halpaa. Lähes joka viikonloppu matkustin tutkimaan jotain uutta paikkaa. Hollanti on maana aivan litteä, joten tyypillinen hollantilainen maisema on laajat aukeat pellot kotieläimineen ja kanaaleineen. Ei tietoakaan tutusta metsä- ja järvimaisemasta. Kolme kuukautta meni nopeasti ja yhtä epätodellista oli palata takaisin Suomeen kuin alun perin mennä Hollantiin. Vaikka joitain hollantilaisia asioita jäinkin kaipaamaan, niin kuin avoimuutta, uusia ystäviä, mäettömiä pyöräilyreittejä, oli myös hienoa palata kotiin. Oli ihmeellistä, miten ymmärsin ympärilläni olevien ihmisten puhetta. Opin paljon paitsi laboratoriossa, myös itsestäni. Keskustelutaitoni paranivat. On klisee sanoa, että matkailu avartaa, mutta silti se on täysin totta. Vaikka maailmalla ihmiset ovat periaatteessa samanlaisia ja asioita hoidetaan melko samalla tavalla, kuitenkaan mikään ei ole samalla tavalla kuin kotona. n ANALYYSI 3/

14 Teksti ja kuvat: Marianne Lehtonen Yhdistykset toimivat Päijät-Hämeen yhdistyksen keväinen luontoretki Yhdistyksen kokouksessa päätettiin tehdä toukokuinen retki paikalliselle suolle. Retkelle saimme mukaan neljä aktiivista jäsentä, jotka uhmasivat keväistä sadetta. Pienen etsinnän jälkeen löytyi suolle menevä polunpää. Suo avartui edessämme pienen metsikön ja itikoiden hyökkäyksen jälkeen. Suon keväinen tuoksu herätti aistimme ja kohta jo huokailimmekin suon ihanuutta. Muutama viime syksyinen karpalokin löytyi maisteltavaksi. Kukassa oli jo suokukka ja suopursu oli nupussaan, sekä tupasvilla huojui tuulessa. Sadekin piti taukoa, jotta saimme nauttia suon kauneudesta. Tarja Nyman oli varautunut tarjoamaan retken päätteeksi evästä. Sitä menimme nauttimaan lähellä olevalle levähdyspaikalle. Kahvi ja pulla maistuivat hauskassa seurassa. Totesimmekin, että säästä huolimatta retki oli onnistunut ja mieltä piristävä kokemus. Kohdettamme Linnaistensuota ehdittiin ojittaa ennen vuonna 1982 päätettyä rauhoitusta, mutta kuivatuksesta huolimatta luontoarvojen pääosa on säilynyt. Rauhoitukseen piirin tuli ensi vaiheessa 100 ha, myöhemmin suojeltua alaa on täydennetty. Viimeksi vuonna 2003 liitettyjen uusien alueiden ansiosta pinta-ala on nykyisin noin 200 ha. n Lämmintä syksyä kaikille ja nauttikaa luonnosta, toivottaa Päijät-Hämeen yhdistys 14 ANALYYSI 3/2013

15 FENNOLAB Luotettava yhteistyökumppanisi UUTUUDET MIKROBIOLOGISEEN TUTKIMUKSEEN: EZ-Pak Dispenser Curve kalvoannostelija ja EZ-Fit Manifold suodatusyksikkö LABORATORIOALAN VERKKOKAUPPA fennokauppa.fi I fennolab@fennomedical.fi I fennolab.fi ANALYYSI 3/

16 Teksti ja kuvat: Lassi Paavolainen BioImageXD ja biokuvien Johdanto Biokuvantaminen on kehittynyt huimaa vauhtia viimeisen kahden vuosikymmenen aikana. Kehitystä on tapahtunut biokuvantamisen jokaisella osaalueella, mutta erityisesti kuvien digitalisoitumisen myötä, merkittävin muutos on biokuvantamisen muuttuminen kvalitatiivisesta tieteestä kvantitatiiviseksi. Kvantitatiivisuuden myötä biokuvantamisen yhteyteen on syntynyt kokonaan uusi monitieteinen ala, biokuvien informatiikka (Peng, 2008). Bio informatiikan solu- ja molekyylibiologian, pääasiassa valo- ja elektronimikroskopian, kuvadatan analysointiin ja tiedon louhintaan keskittynyt tieteenala yhdistää biologian, kuva-analyysin ja ohjelmistotekniikan asiantuntijoita (Peng, 2008). Valo- ja elektronimikroskopia ovat yleisimmät solu- ja molekyylibiologian tutkimuksessa käytetyt kuvausmenetelmät. Valomikroskopia mahdollistaa sekä fiksattujen että elävien solujen ja solukenttien kuvantamisen. Lisäksi solubiologian tutkimuksen kannalta valomikroskopian tärkein sovellutus, fluoresenssimikroskopia, tarjoaa monipuoliset mahdollisuudet kuvata useita tutkimuksen kannalta olennaisia molekyylejä merkitsemällä ne tarkoitukseen kehitetyillä fluoroforeilla. Perinteisen valomikroskopian ongelmana on erottelukyky, joka on parhaimmillaan noin 200 nanometrin luokkaa, siis selvästi kuvattavia molekyylejä suurempi. Elektronimikroskopian etuna valomikroskopiaan verrattuna on sen hyvä erottelukyky, parhaimmillaan nanometrin osia. Elektronimikroskopia ei kuitenkaan mahdollista yksinkertaista kolmiulotteista tai elävien solujen kuvantamista valomikroskopian tapaan. Kvantitatiivisen biokuvantamisen myötä vaatimus kuvattavien näytteiden määrälle on kasvanut. Nykyisin on hyvin yleistä, että yksittäisen kokeen yhteydessä kuvataan satoja moniulotteisia ja monikanavaisia kuvia. Näiden kuvien manuaalinen analysointi on työlästä eikä aina edes mahdollista. Lisäksi tietyissä tapauksissa manuaalinen analysointi asettuu tieteen perusteita, toistettavuutta ja objektiivisuutta, vastaan. Näistä syistä kvantitatiivisen biokuvantamisen mahdollistaminen on vaatinut uusien automaattisten ja semi-automaattisten kuva-analyysimenetelmien kehittämistä sekä vanhojen soveltamista biologian tutkimuksen tarpeisiin. Menetelmien kehittämisen lisäksi biokuvien informatiikassa on tarve kehittyneille ja helppokäyttöisille ohjelmistoille (Carpenter ym, 2012), joita tutkimusta tekevät biologit voivat käyttää ilman ohjelmoinnin osaamista. BioImageXD ohjelmisto BioImageXD (Kankaanpää ym., 2012) on alustariippumaton vapaan lähdekoodin ohjelmisto, joka on kehitetty vastaamaan biokuvien informatiikan haasteisiin. Pääasiassa Jyväskylän ja Turun 16 ANALYYSI 3/2013

17 KUVA 1. BioImageXD:n 3-ulotteiset visualisointitoiminnot ovat avoimien biokuvantamisohjelmistojen kattavimpia. Kuvadataa on mahdollista visualisoida samanaikaisesti useammalla visualisointimoodilla, käyttäen samaa tai useampaa eri dataa lähteenä. informatiikka yliopistoissa sekä osin Åbo Akademissa ja Max Planck Institutessa Saksassa kehitetyn ohjelmiston lähes 10 vuotta >> jatkuneen kehitystyön kohokohdat ovat olleet vuoden 2007 alussa julkaistu ensimmäinen beta-versio sekä kesällä 2012, yhdessä Nature Methods -tiedelehdessä ilmestyneen artikkelin (Kankaanpää ym., 2012) kanssa, julkaistu versio 1.0. Ohjelmiston eri versioita on ladattu yhteensä yli kertaa, joista versiota 1.0 ensimmäisen vuoden aikana noin kertaa. BioImageXD kehitettiin kuutta periaatetta noudattaen: avoin, kattava, käytettävä, säädettävä, soveltuva ja laajennettava. Ohjelmiston avoimuus on kriteereistä tieteelliseltä kannalta olennaisin, sillä se takaa, että kenellä tahansa riittävät tekniset taidot omaavalla tutkijalla on mahdollisuus selvittää ohjelmiston yksityiskohtainen toiminta, ja halutessaan myös kehittää ohjelmistoa omien tarpeiden mukaiseksi. Analysointiohjelmiston avoimuutta pidetään nykyisin osana hyviä tieteellisiä käytäntöjä (Cardona & Tomancak, 2012). Vaikka BioImageXD on avoin ohjelmisto ja mahdollistaa kehitystyön kenelle tahansa, ei suurimmalla osalla ohjelmiston käyttäjistä ole riittävää tietotaitoa tai resursseja tehdä kehitystyötä itse. Tästä syystä ohjelmisto suunniteltiin kattavaksi sisältäen yleiskäyttöisiä työkaluja sekä kuvadatan visualisointiin että analysointiin. Kattava ohjelmisto haluttiin tarjota käyttäjille yhtenä kokonaisuutena omaksuttavissa olevan ja helppokäyttöisen graafisen käyttöliittymän avulla. Lisäksi ohjelmisto suunniteltiin ja lisensoitiin siten, että koko ohjelmiston toiminnallisuus oli mahdollista sisällyttää yhteen pakettiin ilman tarvetta erillisten lisäosien hakemiselle ja asentamiselle erinäisiltä verkkosivuilta. Toimintojen säädettävyyden kannalta sovelluksen yksipuolisuus ja helppokäyttöisyys ovat usein ristiriidassa monipuolisuuden ja yleiskäyttöisyyden kanssa. Monipuolisia sovellutuksia varten BioImageXD:n olennaisista asetuksista haluttiin tehdä säädettäviä silläkin uhalla, että valintojen monipuolisuus saattaisi säikäyttää uusia käyttäjiä. Jatkuvasti muuttuvia tarpeita varten ohjelmistoon kehitettiin mahdollisuus kokonaan uusien prosessointiprotokollien luomiseen yksittäisiä algoritmeja yhdistelemällä. Biokuvantamisen monimuotoisuutta tukemaan, ohjelmistosta kehitettiin soveltuva erilaisille biokuvantamisdatoille 2-ulotteisesta elektronimikroskopiasta monikanavaisen 3-ulotteisen valomikroskopian aikasarjoihin. Biokuvantamisen sovellusten jatkuvassa kehityksessä mukana pysymisen varmistamiseksi, viimeisenä kriteerinä oli tehdä ohjelmistosta helposti laajennettava. Tätä vaatimusta tukemaan, ohjelmisto kehitettiin modulaariseksi. Lisäksi BioImageXD tukee laajojen VTK ( ja ITK ( algoritmikirjastojen käyttöä, jotta kyseiset jatkuvasti kehittyvät visualisointiin sekä biolääketieteen kuvien prosessointiin ja analysointiin erikoistuneet algoritmikirjastot olisivat biokuvanta- >> ANALYYSI 3/

18 KUVA 2. Yksittäisten partikkelien seuranta on saanut suuren suosion 2000-luvulla seurantamenetelmien kehittymisen myötä. Haasteellisessa tehtävässä tarkoituksena on tunnistaa partikkelit ja seurata näiden liikettä elävässä solussa. Tämä mahdollistaa muun muassa soluun sisään otettujen molekyylien seuraamisen solukalvolta sisäisiin rakenteisiin. >> misen tutkimusyhteisön saatavilla helposti käytettävässä muodossa. BioImageXD ja kvantitatiivinen biokuvantaminen Datan visualisointi on tärkeä osa myös kvantitatiivisen biokuvantamisen tutkimusta. Kuvadatan monipuolisuuden takia täysin automaattisten analysointimenetelmien kehittäminen on haasteellista. Monipuolisia visualisointityökaluja hyväksi käyttäen tutkijan on mahdollista luoda käsitys kuvadatan sisällöstä. Tämän tiedon avulla tutkija voi määritellä tarvittavan analysointiprotokollan. Lisäksi analysoinnin oikeellisuutta voidaan tarkastella lopputulosta visualisoimalla. Erityisesti monikanavaisten ja 3-ulotteisten valomikroskopiadatojen visualisointi on ollut puutteellista monissa biokuvien analysointiohjelmistoissa. BioImageXD sisältää 2-ulotteisten visualisointityökalujen lisäksi biokuvien informatiikkaan keskittyvien ohjelmistojen monipuolisimmat 3-ulotteiset visualisointityökalut (Kuva 1) (Eliceiri ym., 2012). Lisäksi Bio ImageXD sisältää moniin muihin avoimiin ohjelmistoihin verrattuna poikkeuksellisen animaattorin, jonka avulla on mahdollista luoda videoita kameran liikkuessa käyttäjän vapaasti määrittelemää liikerataa näytteessä ja sen ympärillä. Kuvien analysointi on biokuvien informatiikan haasteellisin, sekä jatkuvasti kehittyvä, osa-alue. Erityisen haasteellista biokuvien analysoinnista tekee puutteellinen etukäteistieto näytteen sisällöstä. Tässä biokuvantaminen eroaa muun muassa monista lääketieteen kuvantamisen ongelmista, joissa on yleensä vahva ennakkotieto kuvattavasta rakenteesta. Puutteellisen ennakkotiedon lisäksi samassa kokeessa kuvatut näytteet voivat olla hyvinkin erilaisia. Biokuvien informatiikan pyrkimyksenä on kehittää menetelmiä, joilla vaihtelevaa kuvadataa voitaisiin analysoida mahdollisimman automaattisesti. BioImageXD sisältää useita erilaisiin käyttötarkoituksiin kehitettyjä prosessointi- ja analysointimenetelmiä. Näitä menetelmiä yhdistelemällä on mahdollista luoda analysointiprotokollia. Monesti analysointiprotokollan luonti tehdään muutamaa kuvadataa käyttäen, jonka jälkeen toimivaa protokollaa sovelletaan sadoille kuville. Bio ImageXD sisältää työkalun biokuvien informatiikan vaativaan analysointiin (batch processor), jonka avulla on mahdollista analysoida periaatteessa rajaton määrä kuvia useilla eri protokollilla ilman tarvetta käyttäjän interaktiolle. Tulokset ovat sellaisenaan avattavissa tarkastelua varten esimerkiksi yleisillä taulukkolaskentaohjelmistoilla. Biokuvista tehtävät analyysit vaihtelevat yksinkertaisemmasta solujen laskennasta monimutkaiseen partikkelien seurantaan 3-ulotteisessa aikasarjassa. Monet tutkimukset liittyvät solun dynamiikan tai interaktioiden analysointiin. BioImageXD mahdollistaa solujen dynamiikan analysoimisen sekä fiksatuista että elävistä soluista. Fiksattujen solujen tapauksessa solujen toiminta pysäytetään eri ajankohtina tietyn tapahtuman käynnistämisestä. Tilastollisia menetelmiä käyttäen eri aikapisteissä fiksatuista soluista voidaan analysoida esimerkiksi kuinka iso osa kuvattavasta materiaalista liikkuu solukalvolta solun sisäisiin osiin tai miten kauan solujen infektointi viruksilla kestää, vai voidaanko infektointi jollakin käsittelyllä estää kokonaan. Elävistä soluista voidaan tehdä vastaavia analyysejä. Lisäksi elävät solut mahdollis- 18 ANALYYSI 3/2013

19 Viitteet Cardona A, Tomancak P. Current challenges in open-source bioimage informatics. Nature Methods 9(7), , tavat saman solun tapahtumien kuvaamisen useassa eri aikapisteessä. Tämä mahdollistaa muun muassa yksittäisten partikkelien liikkeen seuraamisen solun sisällä (Kuva 2), jota varten BioImageXD:hen on kehitetty vertailuissa hyvin muille vastaaville menetelmille pärjännyt seurantamenetelmä (Paavolainen ym., 2012). Solun sisäisiä interaktioita voidaan tutkia fluoresenssimikroskopian avulla leimaamalla tutkittavat kohteet, esimerkiksi kahdenlaisia proteiineja, eri fluoroforeilla ja tutkimalla näiden välistä vuorovaikutusta. Interaktioiden tutkimusta varten BioImageXD sisältää kattavat intensiteetti- ja objektiperustaiset kolokalisaatioanalyysimenetelmät. Yhteenveto Biokuvantaminen on kehittynyt huimaa vauhtia 2000-luvulla. Kehitystä on tapahtunut kaikilla osaalueilla, mutta ennen kaikkea kuvien analysointimenetelmien, ohjelmistojen ja tietokoneiden laskentatehojen kehittyminen on mahdollistanut kokonaan uudenlaisen tutkimuksen tekemisen. Bio- ImageXD on ohjelmisto, joka sisältää sekä visualisointi- että analysointityökalut biokuvantamisen tutkimuksen tarpeisiin. Biokuvat sisältävät valtavat määrät informaatiota, josta ihmisen resurssit eivät riitä kuin pienen osan havaitsemiseen. Uuden tieteenalan, biokuvien informatiikan, pyrkimyksenä on mahdollistaa informaation louhiminen biokuvista automaattisin menetelmin. Biokuvien informatiikka sisältää edelleen paljon avoimia tutkimusongelmia niin menetelmä- kuin ohjelmistopuolellakin. BioImageXD-ohjelmistoprojekti on ollut yhtenä osana alan kehitystä, ja pyrkii jatkossakin olemaan olennainen osa alan terävintä tutkimusta. n Carpenter AE, Kamentsky L, Eliceiri KW. A call for bioimaging software usability. Nature Methods 9(7), , Eliceiri KW, Berthold MR, Goldberg IG, Ibáñez L, Manjunath BS, Martone ME, Murphy RF, Peng H, Plant AL, Roysam B, Stuurmann N, Swedlow JR, Tomancak P, Carpenter AE. Biological imaging software tools. Nature Methods 9(7), , Kankaanpää P, Paavolainen L, Tiitta S, Karjalainen M, Päivärinne J, Nieminen J, Marjomäki V, Heino J, White DJ. BioImageXD: an open, general-purpose and high-throughput image-processing platform. Nature Methods 9(7), , Paavolainen L, Kankaanpää P, Ruusuvuori P, McNerney G, Karjalainen M, Marjomäki V. Application independent greedy particle tracking method for 3D fluorescence microscopy image series. Proceedings of the 9th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), , Peng H. Bioimage informatics: a new area of engineering biology. Bioinformatics 24(17), , ANALYYSI 3/

20 KOULUTUS- TEEMA Laboratorioalan tutkintotoimikunnasta Olen Eija Haverinen ja edustan tutkintotoimikunnassa Suomen Laboratorioalan liittoa pysyvänä asian tuntijana. Laboratorioalan tutkintotoimikuntaan kuuluu minun lisäksi työnantaja-työntekijä- ja opettajajärjestöjen esittämät edustajat. Tutkintotoimikunnat ovat lakisääteisiä luottamushenkilöelimiä, jotka Opetushallitus asettaa kolmeksi vuodeksi kerrallaan hoitamaan näyttötutkintoja koskevaa julkista tehtävää. Tutkintoja ovat perus-, ammatti- ja erikoisammattitutkinto. Tutkintotoimikuntien tehtävänä on: 1. vastata näyttötutkintojen järjestämisestä ja valvonnasta sekä tutkintotoimikunnan johtamisesta ja ohjaamisesta 2. sopia näyttötutkintojen järjestämisestä ammatillisesta aikuiskoulutuksesta annetun lain mukaisen luvan saaneiden koulutuksen järjestäjien kanssa 3. vahvistaa tutkintosuoritusten arvioinnit ja antaa tutkintotodistukset 4. päättää tutkintosuoritusten arvioinnin oikaisemisesta 5. toimia aloitteellisesti näyttötutkintojärjestelmän kehittämiseksi. Elokuun alussa alkaa uusi 3-vuotis kausi tutkintotoimikunnassa. Suomessa on laboratorioalalla kahdeksan perustutkinnon järjestäjää: Heltec/Helsinki, Omnia/Espoo, Turun ammatti-instuutti/turku, Winnova/Pori, Jämsän ammattiopisto/jämsä, Etelä-Karjalan kky/imatra, Lappia/Kemi ja uusimpana Pohjois-Karjalan kky. Uusi Laboratorioalan ammattitutkinto Edellinen tutkintotoimikunta esitti Opetushallitukselle Laboratorioalan ammattitutkintoa laboratorioalalle viime vuonna. Uusi ammattitutkinto koettiin tarpeelliseksi, koska laboratorioalalla on vain perustutkinto (laborantti). Perustutkinto antaa laaja-alaiset ja monipuoliset valmiudet hakeutua laborantin perustehtävään. Sen sijaan perustutkinnon suorittaneilta laboratorioalalla työskenteleviltä puuttuu tällä hetkellä luonteva mahdollisuus syvempään ammattitaidon kehittämiseen ja omissa työtehtävissä hankitun pitemmälle menevän ammattitaidon osoittamiseen. Käytännössä ainoa mahdollisuus laborantin ammatilliseen jatkokoulutukseen on suorittaa laboratorioanalyytikon ammattikorkeakoulututkinto. Laaja-alaisena korkeakoulututkintona tämä tutkinto ei kuitenkaan ole tarkoituksen mukainen sellaisessa tilanteissa, joissa halutaan kehittää ja syventää laboratorioalan tietyn osa-alueen osaamista. Työelämän osaamisen kehittämisessä olisi tarvetta tutkinnolle, jolla syvennetään osaamista laborantin vastuualueella. Laboratorioalan ammattitutkinto tulee olemaan laboratorioalan ammatilliset perustehtävät hallitsevan laborantin ammattitaidon kehittämiseen, syventämiseen ja työelämässä hankitun osaamisen osoittamiseen soveltuva tutkinto. Ammattitutkinnon suorittaneet työskentelevät erityyppisissä laboratorioissa oman erikoisalueen asiantuntijoina, analyysimenetelmien käyttäjinä ja soveltajina. Tutkinnosta ovat antaneet lausunnon seuraavat asiantuntijatahot: Suomen Laboratorioalan liitto ry, Ammattiliitto Pro ry, Kemianteollisuus ry ja Metsäteollisuus ry. Mikä sitten on tulevaisuuden koulutusjärjestelmä laboratorioalalla. Jos laboratorioalan ammattitutkinto saadaan ja tämän jälkeen myös erikoisammattitutkinto, ei se saisi kuitenkaan korvata tämän hetkistä laboratorioanalyytikko koulutusta. Tällä hetkellä Metropolian ammattikorkeakoulu on enää ainoa, joka ottaa uusia analyytikko-opiskelijoita. Ja antaako Laboratorioalan perustutkinto (laborantti) peruskoulupohjaisena riittävää koulutusta laboratorioalalle, jossa tarvitaan matemaattisia ja teknisiä taitoja. 20 ANALYYSI 3/2013